--- /tmp/python-gsd-2.4.0-1othdajbb/debian/python-gsd-doc_2.4.0-1_all.deb +++ python-gsd-doc_2.4.0-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2020-12-28 05:06:26.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 2360 2020-12-28 05:06:26.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 77900 2020-12-28 05:06:26.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 2364 2020-12-28 05:06:26.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 77880 2020-12-28 05:06:26.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -59,15 +59,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7523 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/py-modindex.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 11575 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-api.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 79196 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.fl.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 61626 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.hoomd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 31726 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.pygsd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 90713 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/schema-hoomd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6369 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/search.html │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 30365 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 30357 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 23188 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/shapes.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 10493 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/specification.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 14480 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/style.html │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc-base/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 331 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc-base/python-gsd │ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/css/badge_only.css -> ../../../../../sphinx_rtd_theme/static/css/badge_only.css │ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2020-12-28 05:06:26.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/css/theme.css -> ../../../../../sphinx_rtd_theme/static/css/theme.css │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/hoomd-examples.html │ │ │ @@ -269,23 +269,23 @@ │ │ │ Out[15]: 5 │ │ │ │ │ │ In [16]: snap.particles.N │ │ │ Out[16]: 9 │ │ │ │ │ │ In [17]: snap.particles.position │ │ │ Out[17]: │ │ │ -array([[0.1515945 , 0.9367704 , 0.7333441 ], │ │ │ - [0.22183327, 0.8472343 , 0.2952421 ], │ │ │ - [0.18101802, 0.7819205 , 0.06482629], │ │ │ - [0.26719517, 0.10655784, 0.42947844], │ │ │ - [0.48632932, 0.9129343 , 0.31790936], │ │ │ - [0.54367846, 0.37702993, 0.9305233 ], │ │ │ - [0.06567983, 0.37675926, 0.10647734], │ │ │ - [0.16555822, 0.58414435, 0.9748487 ], │ │ │ - [0.41807753, 0.86105645, 0.682212 ]], dtype=float32) │ │ │ +array([[0.5405593 , 0.5722708 , 0.4701502 ], │ │ │ + [0.29569134, 0.5842861 , 0.49971431], │ │ │ + [0.67213047, 0.7922957 , 0.93056166], │ │ │ + [0.9340422 , 0.7365758 , 0.00609643], │ │ │ + [0.3664226 , 0.6803624 , 0.5221259 ], │ │ │ + [0.2420243 , 0.8594084 , 0.62655467], │ │ │ + [0.2660042 , 0.98055583, 0.9364223 ], │ │ │ + [0.5265993 , 0.720935 , 0.11014222], │ │ │ + [0.02007882, 0.1304521 , 0.84817755]], dtype=float32) │ │ │ │ │ │ │ │ │

gsd.hoomd.HOOMDTrajectory supports random indexing of frames in the file. │ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Snapshot.

│ │ │ │ │ │
│ │ │

Slicing and selection

│ │ │ @@ -313,21 +313,21 @@ │ │ │

Pure python reader

│ │ │
In [22]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('test.gsd', 'rb'))
│ │ │  
│ │ │  In [23]: t = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │  
│ │ │  In [24]: t[3].particles.position
│ │ │  Out[24]: 
│ │ │ -array([[0.31554416, 0.69834286, 0.62656426],
│ │ │ -       [0.207277  , 0.7095887 , 0.5119474 ],
│ │ │ -       [0.9295063 , 0.24987099, 0.99276304],
│ │ │ -       [0.19698831, 0.797265  , 0.82159126],
│ │ │ -       [0.08496086, 0.25481674, 0.02251194],
│ │ │ -       [0.57570314, 0.5168436 , 0.31220824],
│ │ │ -       [0.11610101, 0.8083972 , 0.39738587]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.27117798, 0.06008662, 0.4838825 ],
│ │ │ +       [0.3875501 , 0.8122152 , 0.33295023],
│ │ │ +       [0.26338187, 0.4601376 , 0.7458597 ],
│ │ │ +       [0.6132266 , 0.09925145, 0.36877984],
│ │ │ +       [0.56911635, 0.42662457, 0.8599034 ],
│ │ │ +       [0.81568044, 0.6825648 , 0.26028672],
│ │ │ +       [0.7265003 , 0.55404186, 0.7168279 ]], dtype=float32)
│ │ │  
│ │ │
│ │ │

You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files │ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It │ │ │ only supports the rb mode and does not read files as fast as the C │ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with │ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.

│ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -356,88 +356,88 @@ │ │ │ │ "5": "py:attribute", │ │ │ │ "6": "py:class", │ │ │ │ "7": "py:method", │ │ │ │ "8": "py:function", │ │ │ │ "9": "std:chunk" │ │ │ │ }, │ │ │ │ terms: { │ │ │ │ - "02251194": 8, │ │ │ │ - "06482629": 8, │ │ │ │ - "06567983": 8, │ │ │ │ - "08496086": 8, │ │ │ │ + "00609643": 8, │ │ │ │ + "02007882": 8, │ │ │ │ + "06008662": 8, │ │ │ │ + "09925145": 8, │ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6, │ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6, │ │ │ │ "100": 20, │ │ │ │ "103": 7, │ │ │ │ "104": 7, │ │ │ │ "105": 7, │ │ │ │ - "10647734": 8, │ │ │ │ - "10655784": 8, │ │ │ │ "110": 7, │ │ │ │ + "11014222": 8, │ │ │ │ "114": 7, │ │ │ │ "115": 7, │ │ │ │ "116": 7, │ │ │ │ - "11610101": 8, │ │ │ │ "127": 1, │ │ │ │ - "1515945": 8, │ │ │ │ - "16555822": 8, │ │ │ │ - "18101802": 8, │ │ │ │ - "19698831": 8, │ │ │ │ + "1304521": 8, │ │ │ │ "1x1": [17, 18], │ │ │ │ "2016": 12, │ │ │ │ "2019": 11, │ │ │ │ "2020": 12, │ │ │ │ - "207277": 8, │ │ │ │ - "22183327": 8, │ │ │ │ "235a7eaf209c": 14, │ │ │ │ - "24987099": 8, │ │ │ │ - "25481674": 8, │ │ │ │ + "2420243": 8, │ │ │ │ "255": 1, │ │ │ │ "256": 6, │ │ │ │ - "26719517": 8, │ │ │ │ - "2952421": 8, │ │ │ │ + "26028672": 8, │ │ │ │ + "26338187": 8, │ │ │ │ + "2660042": 8, │ │ │ │ + "27117798": 8, │ │ │ │ + "29569134": 8, │ │ │ │ "2gib": 1, │ │ │ │ - "31220824": 8, │ │ │ │ - "31554416": 8, │ │ │ │ - "31790936": 8, │ │ │ │ - "37675926": 8, │ │ │ │ - "37702993": 8, │ │ │ │ - "39738587": 8, │ │ │ │ - "41807753": 8, │ │ │ │ - "42947844": 8, │ │ │ │ - "48632932": 8, │ │ │ │ - "5119474": 8, │ │ │ │ - "5168436": 8, │ │ │ │ - "54367846": 8, │ │ │ │ - "57570314": 8, │ │ │ │ - "58414435": 8, │ │ │ │ - "62656426": 8, │ │ │ │ + "33295023": 8, │ │ │ │ + "3664226": 8, │ │ │ │ + "36877984": 8, │ │ │ │ + "3875501": 8, │ │ │ │ + "42662457": 8, │ │ │ │ + "4601376": 8, │ │ │ │ + "4701502": 8, │ │ │ │ + "4838825": 8, │ │ │ │ + "49971431": 8, │ │ │ │ + "5221259": 8, │ │ │ │ + "5265993": 8, │ │ │ │ + "5405593": 8, │ │ │ │ + "55404186": 8, │ │ │ │ + "56911635": 8, │ │ │ │ + "5722708": 8, │ │ │ │ + "5842861": 8, │ │ │ │ + "6132266": 8, │ │ │ │ + "62655467": 8, │ │ │ │ "65535": 6, │ │ │ │ - "682212": 8, │ │ │ │ - "69834286": 8, │ │ │ │ + "67213047": 8, │ │ │ │ + "6803624": 8, │ │ │ │ + "6825648": 8, │ │ │ │ "6x1": 17, │ │ │ │ - "7095887": 8, │ │ │ │ - "7333441": 8, │ │ │ │ + "7168279": 8, │ │ │ │ + "720935": 8, │ │ │ │ + "7265003": 8, │ │ │ │ + "7365758": 8, │ │ │ │ + "7458597": 8, │ │ │ │ "754": 8, │ │ │ │ "755": 8, │ │ │ │ "756": 8, │ │ │ │ "757": 8, │ │ │ │ "758": 8, │ │ │ │ - "7819205": 8, │ │ │ │ - "797265": 8, │ │ │ │ - "8083972": 8, │ │ │ │ - "82159126": 8, │ │ │ │ - "8472343": 8, │ │ │ │ - "86105645": 8, │ │ │ │ - "9129343": 8, │ │ │ │ - "9295063": 8, │ │ │ │ - "9305233": 8, │ │ │ │ - "9367704": 8, │ │ │ │ - "9748487": 8, │ │ │ │ - "99276304": 8, │ │ │ │ + "7922957": 8, │ │ │ │ + "8122152": 8, │ │ │ │ + "81568044": 8, │ │ │ │ + "84817755": 8, │ │ │ │ + "8594084": 8, │ │ │ │ + "8599034": 8, │ │ │ │ + "93056166": 8, │ │ │ │ + "9340422": 8, │ │ │ │ + "9364223": 8, │ │ │ │ + "98055583": 8, │ │ │ │ "9_gsd": 8, │ │ │ │ "boolean": 17, │ │ │ │ "byte": [0, 6, 7], │ │ │ │ "case": [19, 20], │ │ │ │ "char": [0, 6], │ │ │ │ "class": [1, 8, 14, 15, 16, 17, 18], │ │ │ │ "const": 0,