--- /tmp/molmodel-3.0~svn842-2co8vqco9/debian/libsimtkmolmodel3.0_3.0~svn842-2_amd64.deb +++ libsimtkmolmodel3.0_3.0~svn842-2_amd64.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2020-06-17 11:21:24.000000 debian-binary │ -rw-r--r-- 0 0 0 1152 2020-06-17 11:21:24.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 530508 2020-06-17 11:21:24.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 530564 2020-06-17 11:21:24.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── ./usr/lib/x86_64-linux-gnu/libSimTKmolmodel.so.3.0 │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 6e73683800092e1aaee617af6f04a0210a5b1a7b │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: fc73978aa0197ed69bb852b606122f1d7e2510e9 │ │ │ ├── strings --all --bytes=8 {} │ │ │ │ @@ -3918,19 +3918,19 @@ │ │ │ │ /usr/include/simbody/SimTKcommon/internal/State.h │ │ │ │ const SimTK::Subsystem::Guts& SimTK::Subsystem::getSubsystemGuts() const │ │ │ │ /usr/include/simbody/SimTKcommon/internal/Subsystem.h │ │ │ │ bool SimTK::MobilizedBodyIndex::operator<(int) const │ │ │ │ /usr/include/simbody/simbody/internal/common.h │ │ │ │ isValidExtended() && isValidExtended(i) │ │ │ │ bool SimTK::AtomSubsystem::LocalBodyIndex::operator<(int) const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/./include/molmodel/internal/AtomSubsystem.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/./include/molmodel/internal/AtomSubsystem.h │ │ │ │ bool SimTK::AtomSubsystem::AtomIndex::operator<(int) const │ │ │ │ SimTK::Subsystem::Guts& SimTK::Subsystem::updSubsystemGuts() │ │ │ │ const Pair& SimTK::AtomSubsystem::PairIterator::operator*() const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/AtomSubsystem.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/AtomSubsystem.cpp │ │ │ │ const Pair* SimTK::AtomSubsystem::PairIterator::operator->() const │ │ │ │ bool SimTK::MobilizedBodyIndex::operator==(int) const │ │ │ │ void SimTK::AtomSubsystem::addBodyExclusion(SimTK::MobilizedBodyIndex, SimTK::MobilizedBodyIndex) │ │ │ │ getRep().systemBodyIxToLocalBodyIx.find(bodyIx1) != getRep().systemBodyIxToLocalBodyIx.end() │ │ │ │ getRep().systemBodyIxToLocalBodyIx.find(bodyIx2) != getRep().systemBodyIxToLocalBodyIx.end() │ │ │ │ SimTK::AtomSubsystem::BondIndex::BondIndex(long unsigned int) │ │ │ │ bool SimTK::AtomSubsystem::AtomIndex::operator==(int) const │ │ │ │ @@ -4010,22 +4010,22 @@ │ │ │ │ N5SimTK13AbstractValueE │ │ │ │ N5SimTK9Exception12StageTooHighE │ │ │ │ N5SimTK9Exception15StageOutOfRangeE │ │ │ │ N5SimTK13AtomSubsystem4ImplE │ │ │ │ N5SimTK5ValueINS_7Vector_INS_3VecILi3EdLi1EEEEEEE │ │ │ │ NSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEE │ │ │ │ bool SimTK::BiotypeIndex::operator<(int) const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/./include/molmodel/internal/Biotype.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/./include/molmodel/internal/Biotype.h │ │ │ │ bool SimTK::TinkerBiotypeIndex::operator<(int) const │ │ │ │ void SimTK::Biotype::Impl::setTinkerBiotypeIndex(SimTK::TinkerBiotypeIndex) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/BiotypeRep.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/BiotypeRep.h │ │ │ │ !tinkerBiotypeIndexIfAny.isValid() │ │ │ │ tinkerBiotypeIndexIfAny.isValid() │ │ │ │ static const SimTK::Biotype& SimTK::Biotype::get(SimTK::BiotypeIndex) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/Biotype.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/Biotype.cpp │ │ │ │ static SimTK::Biotype& SimTK::Biotype::upd(SimTK::BiotypeIndex) │ │ │ │ static SimTK::Biotype& SimTK::Biotype::upd(SimTK::TinkerBiotypeIndex) │ │ │ │ tinkerIxExists(tinkerBiotypeIndex) │ │ │ │ static const SimTK::Biotype& SimTK::Biotype::get(SimTK::TinkerBiotypeIndex) │ │ │ │ static const SimTK::Biotype& SimTK::Biotype::get(const char*, const char*, SimTK::Ordinality::Residue) │ │ │ │ exists(residueName, atomName, ordinality) │ │ │ │ static SimTK::Biotype& SimTK::Biotype::upd(const char*, const char*, SimTK::Ordinality::Residue) │ │ │ │ @@ -4081,37 +4081,37 @@ │ │ │ │ std::ostream& SimTK::Biotype::Impl::generateSelfCode(std::ostream&) const │ │ │ │ if (! Biotype::exists( │ │ │ │ Biotype::defineTinkerBiotype( │ │ │ │ InvalidTinkerBiotypeIndex │ │ │ │ TinkerBiotypeIndex( │ │ │ │ , Element:: │ │ │ │ Ordinality::InitOrdinality::FinaSimTK::Angle SimTK::calcDihedralAngle(const UnitVec3&, const UnitVec3&, const UnitVec3&) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/BondGeometry.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/BondGeometry.cpp │ │ │ │ dot (bond12, bond23) < 0.999 │ │ │ │ dot (bond12, bond23) > -0.999 │ │ │ │ dot (bond23, bond34) < 0.999 │ │ │ │ dot (bond23, bond34) > -0.999 │ │ │ │ cosAngle < 1.1 │ │ │ │ cosAngle > -1.1 │ │ │ │ nominalDihedralAngle > -4 │ │ │ │ nominalDihedralAngle < 4 │ │ │ │ ! (nominalDihedralAngle > 4) │ │ │ │ ! (nominalDihedralAngle < -4) │ │ │ │ SimTK::Angle SimTK::Bond::getDefaultDihedralAngle() const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/CompoundAtom.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/CompoundAtom.h │ │ │ │ (defaultDihedral >= 0) || (defaultDihedral <= 0) │ │ │ │ const IMPL& SimTK::PIMPLHandle::getImpl() const [with HANDLE = SimTK::Compound; IMPL = SimTK::CompoundRep; bool PTR = false] │ │ │ │ /usr/include/simbody/SimTKcommon/internal/PrivateImplementation.h │ │ │ │ IMPL& SimTK::PIMPLHandle::updImpl() [with HANDLE = SimTK::Compound; IMPL = SimTK::CompoundRep; bool PTR = false] │ │ │ │ bool SimTK::Compound::BondCenterIndex::operator<(int) const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/./include/molmodel/internal/Compound.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/./include/molmodel/internal/Compound.h │ │ │ │ bool SimTK::Compound::AtomIndex::operator<(int) const │ │ │ │ bool SimTK::Compound::BondIndex::operator<(int) const │ │ │ │ SimTK::Compound::AtomIndex SimTK::CompoundRep::getBondAtomIndex(SimTK::Compound::BondIndex, int) const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/Compound.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/Compound.cpp │ │ │ │ pbc.getAtomIndex() >= 0 && cbc.getAtomIndex() >= 0 │ │ │ │ SimTK::BondCenterInfo& SimTK::CompoundRep::updBondCenterInfo(SimTK::Compound::BondCenterIndex) │ │ │ │ SimTK::Compound::BondCenterIndex::BondCenterIndex(long unsigned int) │ │ │ │ (Compound::BondCenterIndex)allBondCenters.size() > id │ │ │ │ const SimTK::BondCenterInfo& SimTK::CompoundRep::getBondCenterInfo(SimTK::Compound::BondCenterIndex) const │ │ │ │ SimTK::AtomInfo& SimTK::CompoundRep::updAtomInfo(SimTK::Compound::AtomIndex) │ │ │ │ SimTK::Compound::BondIndex::BondIndex(long unsigned int) │ │ │ │ @@ -4142,15 +4142,15 @@ │ │ │ │ bool SimTK::ResidueInfo::AtomIndex::operator<(long unsigned int) const │ │ │ │ bool SimTK::CompoundAtom::BondCenterIndex::operator<(long unsigned int) const │ │ │ │ const SimTK::Compound::BondIndex SimTK::BondCenterInfo::getBondIndex() const │ │ │ │ SimTK::CompoundRep& SimTK::CompoundRep::convertInboardBondCenterToOutboard() │ │ │ │ !getInboardBondCenter().isBonded() │ │ │ │ SimTK::BondCenter& SimTK::BondCenter::setInboard(bool) │ │ │ │ bool SimTK::BiopolymerResidueRep::assignBiotypes(SimTK::Ordinality::Residue) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/Compound.cpp: │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/Compound.cpp: │ │ │ │ const Transform SimTK::CompoundRep::calcDefaultBondCenterFrameInCompoundFrame(const SimTK::BondCenterInfo&, std::vector >&) const │ │ │ │ bool SimTK::Compound::BondCenterIndex::operator==(int) const │ │ │ │ info.getIndex() == bondInfo.getChildBondCenterIndex() │ │ │ │ SimTK::Transform SimTK::CompoundRep::calcDefaultAtomFrameInCompoundFrame(const AtomName&) const │ │ │ │ SimTK::Transform SimTK::CompoundRep::calcDefaultBondCenterFrameInCompoundFrame(const SimTK::BondCenterInfo&) const │ │ │ │ SimTK::Angle SimTK::CompoundRep::calcDefaultDihedralAngle(const SimTK::String&) const │ │ │ │ dihedralAnglesByName.find(dihedralName) != dihedralAnglesByName.end() │ │ │ │ @@ -4214,15 +4214,15 @@ │ │ │ │ static SimTK::RibonucleotideResidue SimTK::RibonucleotideResidue::create(char) │ │ │ │ Unrecognized Ribonucleotide residue name: ' │ │ │ │ static SimTK::DeoxyribonucleotideResidue SimTK::DeoxyribonucleotideResidue::create(char) │ │ │ │ Unrecognized Deoxyribonucleotide residue name: ' │ │ │ │ SimTK::ResidueInfo::Index::Index(long unsigned int) │ │ │ │ SimTK::ResidueInfo::Index::Index(int) │ │ │ │ bool SimTK::Pdb::ResidueIndex::operator<(long unsigned int) const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/./include/molmodel/internal/Pdb.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/./include/molmodel/internal/Pdb.h │ │ │ │ !isEmptyHandle() │ │ │ │ which==0 || which==1 │ │ │ │ hasAtom(i) │ │ │ │ isInstanceOf(p) │ │ │ │ BONDINFO: BondIndex= │ │ │ │ inb,outb BondCenterIndices= │ │ │ │ biotype= │ │ │ │ @@ -4278,15 +4278,15 @@ │ │ │ │ dotProduct > -1.1 │ │ │ │ ! isNaN(dihedral) │ │ │ │ atomInfo.isBaseAtom() │ │ │ │ Unknown residue │ │ │ │ inboard bond │ │ │ │ SimTK::Compound::AtomIndex::AtomIndex(long unsigned int) │ │ │ │ const SimTK::AtomInfo& SimTK::CompoundRep::getAtomInfo(SimTK::Compound::AtomIndex) const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/CompoundRep.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/CompoundRep.h │ │ │ │ (Compound::AtomIndex)allAtoms.size() > id │ │ │ │ int SimTK::PIMPLImplementation::decrementHandleCount() const [with HANDLE = SimTK::Compound; IMPL = SimTK::CompoundRep] │ │ │ │ /usr/include/simbody/SimTKcommon/internal/PrivateImplementation_Defs.h │ │ │ │ handleCount>=1 │ │ │ │ SimTK::PIMPLImplementation::~PIMPLImplementation() [with HANDLE = SimTK::Compound; IMPL = SimTK::CompoundRep] │ │ │ │ handleCount==0 │ │ │ │ void SimTK::PIMPLImplementation::setOwnerHandle(HANDLE&) [with HANDLE = SimTK::Compound; IMPL = SimTK::CompoundRep] │ │ │ │ @@ -4313,15 +4313,15 @@ │ │ │ │ nitrogen │ │ │ │ Mat::row[i] │ │ │ │ /usr/include/simbody/SimTKcommon/internal/Mat.h │ │ │ │ /usr/include/simbody/SimTKcommon/internal/BigMatrix.h │ │ │ │ SimTK::MatrixHelperRep* SimTK::MatrixHelper::stealRep() [with S = std::complex] │ │ │ │ /usr/include/simbody/SimTKcommon/internal/MatrixHelper.h │ │ │ │ static SimTK::TransformAndResidual SimTK::Kabsch78::superpose(const VectorSet&) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/./include/molmodel/internal/Superpose.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/./include/molmodel/internal/Superpose.h │ │ │ │ MatrixBase::updRow() │ │ │ │ indMin != indMax │ │ │ │ indMid >= 0 │ │ │ │ indMid <= 2 │ │ │ │ indMid != indMax │ │ │ │ indMid != indMin │ │ │ │ static SimTK::UnitVec3 SimTK::BondCenter::getBondDirection(const UnitVec3&, SimTK::Angle, const UnitVec3&, SimTK::Angle, SimTK::BondCenter::Chirality) │ │ │ │ @@ -4627,17 +4627,17 @@ │ │ │ │ N5SimTK26DeoxyribonucleotideResidue14DeoxyguanosineE │ │ │ │ N5SimTK26DeoxyribonucleotideResidue13DeoxycytidineE │ │ │ │ N5SimTK26DeoxyribonucleotideResidue14DeoxythymidineE │ │ │ │ N5SimTK11CompoundRepE │ │ │ │ N5SimTK20BiopolymerResidueRepE │ │ │ │ N5SimTK13BiopolymerRepE │ │ │ │ ?bool SimTK::DuMM::ClusterIndex::operator<(int) const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/./include/molmodel/internal/DuMMForceFieldSubsystem.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/./include/molmodel/internal/DuMMForceFieldSubsystem.h │ │ │ │ void SimTK::buildUpRigidBody(SimTK::Compound::AtomIndex, SimTK::DuMM::ClusterIndex, std::set&, std::map&, SimTK::CompoundRep&) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/CompoundSystem.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/CompoundSystem.cpp │ │ │ │ !atom.getDuMMPrimaryClusterIndex().isValid() │ │ │ │ atomBondings.find(atomId) != atomBondings.end() │ │ │ │ atomBonding.clusterIx.isValid() │ │ │ │ numberOfNonBendyBondsOnBondedAtom > 0 │ │ │ │ vector::_M_range_check: __n (which is %zu) >= this->size() (which is %zu) │ │ │ │ void SimTK::CompoundSystem::modelOneCompound(SimTK::CompoundSystem::CompoundIndex, SimTK::String) │ │ │ │ atomBonding.dummAtomIndex.isValid() │ │ │ │ @@ -4647,25 +4647,25 @@ │ │ │ │ rigidUnits.find(clusterIx) == rigidUnits.end() │ │ │ │ rigidUnits.find(clusterIx) != rigidUnits.end() │ │ │ │ bool SimTK::DuMM::ClusterIndex::operator==(int) const │ │ │ │ rootAtomPtr->clusterIx == rigidUnit.clusterIx │ │ │ │ bool SimTK::DuMM::BondIndex::operator<(int) const │ │ │ │ bool SimTK::DuMM::AtomIndex::operator<(int) const │ │ │ │ bool SimTK::CompoundSystem::CompoundIndex::operator<(long unsigned int) const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/./include/molmodel/internal/CompoundSystem.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/./include/molmodel/internal/CompoundSystem.h │ │ │ │ biotypeIx.isValid() │ │ │ │ chargedTypeId.isValid() │ │ │ │ a0 != a1 │ │ │ │ !childUnit.parentId.isValid() │ │ │ │ unit.clusterAtoms.size() > 0 │ │ │ │ parentUnit.bodyId.isValid() │ │ │ │ ?bool SimTK::DuMM::AtomClassIndex::operator<(int) const │ │ │ │ bool SimTK::DuMM::ChargedAtomTypeIndex::operator<(int) const │ │ │ │ static const SimTK::DuMMForceFieldSubsystem& SimTK::DuMMForceFieldSubsystem::downcast(const SimTK::Subsystem&) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/DuMMForceFieldSubsystem.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/DuMMForceFieldSubsystem.cpp │ │ │ │ static SimTK::DuMMForceFieldSubsystem& SimTK::DuMMForceFieldSubsystem::updDowncast(SimTK::Subsystem&) │ │ │ │ (DuMMForceFieldSubsystem& dumm) │ │ │ │ defineAtomClass((DuMM::AtomClassIndex) │ │ │ │ defineChargedAtomType((DuMM::ChargedAtomTypeIndex) │ │ │ │ defineBondStretch((DuMM::AtomClassIndex) │ │ │ │ defineBondBend((DuMM::AtomClassIndex) │ │ │ │ DuMMForceFieldSubsystem::WaldmanHagler │ │ │ │ @@ -4971,15 +4971,15 @@ │ │ │ │ mobodIx.isValid() │ │ │ │ isValidDuMMBody(duMMBodyIx) │ │ │ │ attachAtomToBody │ │ │ │ bodyIndex.isValid() │ │ │ │ SimTK::DuMM::AtomClassIndex::AtomClassIndex(int) │ │ │ │ SimTK::DuMM::ChargedAtomTypeIndex::ChargedAtomTypeIndex(int) │ │ │ │ TorsionTerm::TorsionTerm(int, SimTK::Real, SimTK::Real) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/DuMMForceFieldSubsystemRep.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/DuMMForceFieldSubsystemRep.h │ │ │ │ const DuMMAtom& SimTK::DuMMForceFieldSubsystemRep::getAtom(SimTK::DuMM::AtomIndex) const │ │ │ │ const Cluster& SimTK::DuMMForceFieldSubsystemRep::getCluster(SimTK::DuMM::ClusterIndex) const │ │ │ │ isValidCluster(clusterIndex) │ │ │ │ Can't perform operation: │ │ │ │ topology has not been realized since the last topological change -- you must call realizeTopology() first. │ │ │ │ bool operator<(const IndexTriple&, const IndexTriple&) [with T = SimTK::DuMM::AtomClassIndex] │ │ │ │ bool operator<(const IndexPair&, const IndexPair&) [with T = SimTK::DuMM::AtomClassIndex] │ │ │ │ @@ -5023,15 +5023,15 @@ │ │ │ │ N5SimTK4DuMM12ClusterIndexE │ │ │ │ 13DuMMBodyIndex │ │ │ │ N5SimTK4DuMM9AtomIndexE │ │ │ │ N5SimTK4DuMM9BondIndexE │ │ │ │ T@bool operator<(const IndexTriple&, const IndexTriple&) [with T = SimTK::DuMM::AtomIndex] │ │ │ │ bool operator<(const IndexQuad&, const IndexQuad&) [with T = SimTK::DuMM::AtomIndex] │ │ │ │ void SimTK::DuMMForceFieldSubsystemRep::applyMixingRule(SimTK::Real, SimTK::Real, SimTK::Real, SimTK::Real, SimTK::Real&, SimTK::Real&) const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/DuMMForceFieldSubsystemRep.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/DuMMForceFieldSubsystemRep.cpp │ │ │ │ SimTK::DuMM::ChargedAtomTypeIndex SimTK::DuMMForceFieldSubsystemRep::getBiotypeChargedAtomType(SimTK::BiotypeIndex) const │ │ │ │ std::ostream& SimTK::DuMMForceFieldSubsystemRep::generateBiotypeChargedAtomTypeSelfCode(std::ostream&, SimTK::BiotypeIndex) const │ │ │ │ chargedAtomTypesByBiotype.find(biotypeIx) != chargedAtomTypesByBiotype.end() │ │ │ │ dumm.setBiotypeChargedAtomType( │ │ │ │ includedAtomIx=%d includedBodyIx=%d (atomIx=%d) │ │ │ │ force 1-2 (IncludedAtomIndex): │ │ │ │ force 1-3 (IncludedAtomIndex): │ │ │ │ @@ -5297,28 +5297,28 @@ │ │ │ │ thallium │ │ │ │ berkelium │ │ │ │ californium │ │ │ │ einsteinium │ │ │ │ ununquadium │ │ │ │ ununhexium │ │ │ │ static SimTK::Element SimTK::Element::getByAtomicNumber(int) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/Element.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/Element.cpp │ │ │ │ static SimTK::Element SimTK::Element::getBySymbol(const SimTK::String&) │ │ │ │ deuterium │ │ │ │ @static const SimTK::MolecularMechanicsSystem& SimTK::MolecularMechanicsSystem::downcast(const SimTK::System&) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/MolecularMechanicsSystem.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/MolecularMechanicsSystem.cpp │ │ │ │ static SimTK::MolecularMechanicsSystem& SimTK::MolecularMechanicsSystem::updDowncast(SimTK::System&) │ │ │ │ int SimTK::MolecularMechanicsSystem::setMolecularMechanicsForceSubsystem(SimTK::DuMMForceFieldSubsystem&) │ │ │ │ !molecularMechanicsSub.isValid() │ │ │ │ SimTK::SubsystemIndex::SubsystemIndex(int) │ │ │ │ const SimTK::DuMMForceFieldSubsystem& SimTK::MolecularMechanicsSystem::getMolecularMechanicsForceSubsystem() const │ │ │ │ molecularMechanicsSub.isValid() │ │ │ │ SimTK::DuMMForceFieldSubsystem& SimTK::MolecularMechanicsSystem::updMolecularMechanicsForceSubsystem() │ │ │ │ phosphorus │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/PDBReader.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/PDBReader.cpp │ │ │ │ MMDB2 Failed to open the file │ │ │ │ MMDB2 found no models the file │ │ │ │ MMDB2 failed to read the atom │ │ │ │ . The file is most likely corrupted. Terminating now... │ │ │ │ MMDB2 failed to read the residue │ │ │ │ MMDB2 failed to read the chain │ │ │ │ MMDB2 failed to read the first model in file │ │ │ │ @@ -5380,23 +5380,23 @@ │ │ │ │ N5SimTK23NaPhosphodiesterLinkageE │ │ │ │ N5SimTK25ThreePrimeNaHydroxylGroupE │ │ │ │ N5SimTK3RNAE │ │ │ │ N5SimTK3DNAE │ │ │ │ deoxyadenosine │ │ │ │ deoxyguanosine │ │ │ │ deoxycytosine │ │ │ │ -@/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/Pdb.cpp │ │ │ │ +@/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/Pdb.cpp │ │ │ │ const SimTK::PdbChain& SimTK::PdbModel::getChain(SimTK::String) const │ │ │ │ chainIndicesById.find(chainId) != chainIndicesById.end() │ │ │ │ int(chains.size()) > chainIndex │ │ │ │ : Trouble writing coordinates = │ │ │ │ An X-coordinate is too large to print in PDB format │ │ │ │ A Y-coordinate is too large to print in PDB format │ │ │ │ A Z-coordinate is too large to print in PDB format │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/Pdb.cpp: │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/Pdb.cpp: │ │ │ │ chainId is less than 1 character long! │ │ │ │ const SimTK::PdbAtom& SimTK::PdbResidue::getAtom(SimTK::String) const │ │ │ │ const SimTK::PdbAtom& SimTK::PdbChain::getAtom(SimTK::String, SimTK::PdbResidueId) const │ │ │ │ const SimTK::PdbAtom& SimTK::PdbModel::getAtom(SimTK::String, SimTK::PdbResidueId, SimTK::String) const │ │ │ │ hasAtom(atomName, residueId, chainId) │ │ │ │ const SimTK::PdbAtom& SimTK::PdbStructure::getAtom(SimTK::String, SimTK::PdbResidueId, SimTK::String) const │ │ │ │ SimTK::PdbAtom& SimTK::PdbResidue::updAtom(SimTK::String) │ │ │ │ @@ -5446,15 +5446,15 @@ │ │ │ │ N5SimTK9Exception19UndefinedPdbChainIdE │ │ │ │ 6*?Waiting for vmd IMD connection on port │ │ │ │ N5SimTK19PeriodicVmdReporterE │ │ │ │ int SimTK::VectorBase::size() const [with ELT = double] │ │ │ │ /usr/include/simbody/SimTKcommon/internal/VectorBase.h │ │ │ │ Base::nelt() <= (ptrdiff_t)std::numeric_limits::max() │ │ │ │ virtual SimTK::Real SimTK::SinusoidFunction::calcDerivative(const SimTK::Array_&, const Vector&) const │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/./include/molmodel/internal/RiboseMobilizer.h │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/./include/molmodel/internal/RiboseMobilizer.h │ │ │ │ Base::ncol()==1 │ │ │ │ 1 == x.size() │ │ │ │ T SimTK::Function_::Constant::calcValue(const Vector&) const [with T = double; SimTK::Vector = SimTK::Vector_] │ │ │ │ /usr/include/simbody/SimTKcommon/internal/Function.h │ │ │ │ x.size() == argumentSize │ │ │ │ The base class │ │ │ │ dummy implementation of method │ │ │ │ @@ -6385,15 +6385,15 @@ │ │ │ │ y\@33333 │ │ │ │ _@33333#`@ │ │ │ │ 9^@fffff │ │ │ │ N5SimTK5Force6Custom14ImplementationE │ │ │ │ N5SimTK20VanderWallSphereImplE │ │ │ │ The requested bath temperature %g was illegal. │ │ │ │ VelocityRescalingThermostat::setBathTemperature() │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/VelocityRescalingThermostat.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/VelocityRescalingThermostat.cpp │ │ │ │ The number of excluded rigid body degrees of freedom requested was %d but must be between 0 and 6. │ │ │ │ VelocityRescalingThermostat::setNumExcludedDofs() │ │ │ │ 0 <= numExcludedDofs && numExcludedDofs <= 6 │ │ │ │ int SimTK::VelocityRescalingThermostat::VelocityRescalingThermostatImpl::calcNumThermalDofs(const SimTK::State&) const │ │ │ │ bathTemperature >= 0 │ │ │ │ numExcludedDofs >= 0 │ │ │ │ StateImpl::getNU() │ │ │ │ @@ -6497,25 +6497,25 @@ │ │ │ │ bufferArray │ │ │ │ atomIdStrings │ │ │ │ arrayOfStrings │ │ │ │ opened file=< │ │ │ │ :: closed file=< │ │ │ │ SimTKOpenMMUtilities::writeDebugFile │ │ │ │ %s could not open file=<%s> -- abort output. │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/gbsa/SimTKOpenMMUtilities.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/gbsa/SimTKOpenMMUtilities.cpp │ │ │ │ SimTKOpenMMUtilities::readFileIntoStringVector │ │ │ │ SimTKOpenMMUtilities::writeFile │ │ │ │ > number of body lines in file= │ │ │ │ SimTKOpenMMUtilities::getArrayStatistics │ │ │ │ cpuSetObcParameters: │ │ │ │ Done w/ setup │ │ │ │ Warning: mass for atom │ │ │ │ Warning: element # │ │ │ │ int getGbsaRadii(int, const int*, const int*, const int*, double*) │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/gbsa/cpuObcInterface.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/gbsa/cpuObcInterface.cpp │ │ │ │ atomicNumberOfHCovalentPartner[atomI] > 0 │ │ │ │ not handled -- using default scale factor. │ │ │ │ '@ffffff(@ │ │ │ │ getObcScaleFactorsGivenAtomMassgetObcScaleFactogromacs │ │ │ │ **** error: calloc failed. │ │ │ │ residues │ │ │ │ number of vertices │ │ │ │ @@ -6531,23 +6531,23 @@ │ │ │ │ mol_ChainCreate │ │ │ │ struc->atomic_struct.atoms │ │ │ │ struc->secondary.helix.list │ │ │ │ struc->secondary.sheet.list │ │ │ │ *p_model │ │ │ │ %s_struct │ │ │ │ res[num_res].atoms.list │ │ │ │ -/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0~svn842/src/mol.cpp │ │ │ │ +/build/molmodel-K0jV27/molmodel-3.0-svn842/src/mol.cpp │ │ │ │ **** error: can't open file [%s] │ │ │ │ struc->het_atomic_struct.atoms │ │ │ │ struc->solvent.atomic_struct.atoms │ │ │ │ **** waring: realloc null ptr. │ │ │ │ **** error: realloc failed. │ │ │ │ AFailed to open socket. │ │ │ │ %d.%d.%d.%d │ │ │ │ -73683800092e1aaee617af6f04a0210a5b1a7b.debug │ │ │ │ +73978aa0197ed69bb852b606122f1d7e2510e9.debug │ │ │ │ .shstrtab │ │ │ │ .note.gnu.build-id │ │ │ │ .gnu.hash │ │ │ │ .gnu.version │ │ │ │ .gnu.version_r │ │ │ │ .rela.dyn │ │ │ │ .rela.plt │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.rodata {} │ │ │ │ @@ -49,15 +49,15 @@ │ │ │ │ 0x001832e0 29202626 20697356 616c6964 45787465 ) && isValidExte │ │ │ │ 0x001832f0 6e646564 28692900 626f6f6c 2053696d nded(i).bool Sim │ │ │ │ 0x00183300 544b3a3a 41746f6d 53756273 79737465 TK::AtomSubsyste │ │ │ │ 0x00183310 6d3a3a4c 6f63616c 426f6479 496e6465 m::LocalBodyInde │ │ │ │ 0x00183320 783a3a6f 70657261 746f723c 28696e74 x::operator<(int │ │ │ │ 0x00183330 2920636f 6e737400 2f627569 6c642f6d ) const./build/m │ │ │ │ 0x00183340 6f6c6d6f 64656c2d 4b306a56 32372f6d olmodel-K0jV27/m │ │ │ │ - 0x00183350 6f6c6d6f 64656c2d 332e307e 73766e38 olmodel-3.0~svn8 │ │ │ │ + 0x00183350 6f6c6d6f 64656c2d 332e302d 73766e38 olmodel-3.0-svn8 │ │ │ │ 0x00183360 34322f2e 2f696e63 6c756465 2f6d6f6c 42/./include/mol │ │ │ │ 0x00183370 6d6f6465 6c2f696e 7465726e 616c2f41 model/internal/A │ │ │ │ 0x00183380 746f6d53 75627379 7374656d 2e680000 tomSubsystem.h.. │ │ │ │ 0x00183390 626f6f6c 2053696d 544b3a3a 41746f6d bool SimTK::Atom │ │ │ │ 0x001833a0 53756273 79737465 6d3a3a41 746f6d49 Subsystem::AtomI │ │ │ │ 0x001833b0 6e646578 3a3a6f70 65726174 6f723c28 ndex::operator<( │ │ │ │ 0x001833c0 696e7429 20636f6e 73740000 00000000 int) const...... │ │ │ │ @@ -67,15 +67,15 @@ │ │ │ │ 0x00183400 73797374 656d4775 74732829 00000000 systemGuts().... │ │ │ │ 0x00183410 636f6e73 74205061 69722620 53696d54 const Pair& SimT │ │ │ │ 0x00183420 4b3a3a41 746f6d53 75627379 7374656d K::AtomSubsystem │ │ │ │ 0x00183430 3a3a5061 69724974 65726174 6f723a3a ::PairIterator:: │ │ │ │ 0x00183440 6f706572 61746f72 2a282920 636f6e73 operator*() cons │ │ │ │ 0x00183450 74000000 00000000 2f627569 6c642f6d t......./build/m │ │ │ │ 0x00183460 6f6c6d6f 64656c2d 4b306a56 32372f6d olmodel-K0jV27/m │ │ │ │ - 0x00183470 6f6c6d6f 64656c2d 332e307e 73766e38 olmodel-3.0~svn8 │ │ │ │ + 0x00183470 6f6c6d6f 64656c2d 332e302d 73766e38 olmodel-3.0-svn8 │ │ │ │ 0x00183480 34322f73 72632f41 746f6d53 75627379 42/src/AtomSubsy │ │ │ │ 0x00183490 7374656d 2e637070 00000000 00000000 stem.cpp........ │ │ │ │ 0x001834a0 636f6e73 74205061 69722a20 53696d54 const Pair* SimT │ │ │ │ 0x001834b0 4b3a3a41 746f6d53 75627379 7374656d K::AtomSubsystem │ │ │ │ 0x001834c0 3a3a5061 69724974 65726174 6f723a3a ::PairIterator:: │ │ │ │ 0x001834d0 6f706572 61746f72 2d3e2829 20636f6e operator->() con │ │ │ │ 0x001834e0 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