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+++ gromacs-data_2020.6-2_all.deb
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│ │ │  Package: gromacs-data
│ │ │  Source: gromacs
│ │ │  Version: 2020.6-2
│ │ │  Architecture: all
│ │ │  Maintainer: Debichem Team <debichem-devel@lists.alioth.debian.org>
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│ │ │ +Installed-Size: 216441
│ │ │  Depends: libjs-mathjax
│ │ │  Recommends: gromacs
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│ │ │  Replaces: gromacs-doc
│ │ │  Section: science
│ │ │  Priority: optional
│ │ │  Multi-Arch: foreign
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── file list
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│ │ │ +00041930: 2e37 2c2d 3231 352e 3738 2031 3931 342e  .7,-215.78 1914.
│ │ │ +00041940: 3638 2c2d 3231 392e 3231 2031 3932 342e  68,-219.21 1924.
│ │ │ +00041950: 3635 2c2d 3232 322e 3738 2031 3932 342e  65,-222.78 1924.
│ │ │ +00041960: 372c 2d32 3135 2e37 3822 2f3e 0a3c 2f67  7,-215.78"/>.</g
│ │ │ +00041970: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f73 7667 3e0a       >.</g>.</svg>.
│ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/page_modulegraph.xhtml
│ │ │ @@ -69,15 +69,15 @@
│ │ │    <div class="headertitle">
│ │ │  <div class="title">Module dependency graph </div>  </div>
│ │ │  </div><!--header-->
│ │ │  <div class="contents">
│ │ │  <div class="textblock"><p><a class="anchor" id="md_docs_doxygen_lib_modulegraph"></a></p>
│ │ │  <p>The graph below shows the dependencies between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.</p>
│ │ │  <p><div class="dotgraph">
│ │ │ -<iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_module-deps.svg" width="7590" height="1880"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div>
│ │ │ +<iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_module-deps.svg" width="7503" height="1880"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div>
│ │ │  </p>
│ │ │  <h1><a class="anchor" id="autotoc_md39"></a>
│ │ │  Legend</h1>
│ │ │  <p>The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.</p>
│ │ │  <div class="dotgraph">
│ │ │  <iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_inline_dotgraph_2.svg" width="440" height="407"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div>
│ │ │  <p>Node colors: </p><dl>
│ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/todo.xhtml
│ │ │ @@ -90,48 +90,48 @@
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="expfit_8h.xhtml#a560ea7d97277b9e0576776ec695fb9b3">fit_acf</a>  (int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000020"></a>check parameters  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1AbstractAnalysisArrayData.xhtml">gmx::AbstractAnalysisArrayData</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000006"></a> Add support for multiple data sets. </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml">gmx::AbstractAnalysisData</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000001"></a> Improve the exception-handling semantics. In most cases, it doesn't make much sense to continue data processing after one module fails, but having the alternative would not hurt. </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a90b99e3f700dbb8992a2d65a6b2a6de5">gmx::AbstractAnalysisData::addColumnModule</a>  (int col, int span, const AnalysisDataModulePointer &amp;module)</dt>
│ │ │ -<dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000002"></a> This method doesn't currently work in all cases with multipoint data or with multiple data sets. In particular, if the added module requests storage and uses <a class="el" href="classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a0443667626b1e371ff9eef6143383c31" title="Access stored data.">getDataFrame()</a>, it will behave unpredictably (most likely asserts).</p>
│ │ │ -<p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000003"></a> Generalize this method to multiple data sets (e.g., for adding modules that only process a single data set). </p>
│ │ │ +<dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000003"></a> Generalize this method to multiple data sets (e.g., for adding modules that only process a single data set).</p>
│ │ │ +<p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000002"></a> This method doesn't currently work in all cases with multipoint data or with multiple data sets. In particular, if the added module requests storage and uses <a class="el" href="classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a0443667626b1e371ff9eef6143383c31" title="Access stored data.">getDataFrame()</a>, it will behave unpredictably (most likely asserts). </p>
│ │ │  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#ae095550bd347b42db3c49e064bc44228">gmx::AbstractAnalysisData::applyModule</a>  (<a class="el" href="classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml" title="Interface for a module that gets notified whenever data is added.">IAnalysisDataModule</a> *module)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000004"></a> Currently, this method may not work correctly if <code>module</code> requests storage (<a class="el" href="classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#aa359ad884aa596dee5fd9e306ce8ea3f" title="Adds a module to process the data.">addModule()</a> has the same problem if called after data is started).  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a9aa8495e558f50edd35b80754a508052">gmx::AbstractOptionStorage::processSet</a>  ()=0</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000126"></a> Improve the call semantics. </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisData.xhtml">gmx::AnalysisData</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000005"></a> Parallel implementation is not complete. </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#a9431fa761d762a585a5c36c9595ad697">gmx::AnalysisDataPlotSettings::plotFormat</a>  () const</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000010"></a>Use a proper enum.  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisDataStorage.xhtml">gmx::AnalysisDataStorage</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000009"></a> Proper multi-threaded implementation. </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisNeighborhood.xhtml">gmx::AnalysisNeighborhood</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000137"></a> Generalize the exclusion machinery to make it easier to use for other cases than atom-atom exclusions from the topology. </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml">gmx::AnalysisNeighborhoodSearch</a>  </dt>
│ │ │ -<dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000139"></a> Consider removing <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a94cca278a9cee6a8ce84254bbecb9b90" title="Calculates the minimum distance from the reference points.">minimumDistance()</a>, as <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a90f03798a665eb91af207b01331f7424" title="Finds the closest reference point.">nearestPoint()</a> already returns the distance.</p>
│ │ │ -<p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000138"></a> Make it such that <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a5e749843e759e164b790eee1d8004489" title="Clears this search.">reset()</a> is not necessary to call in code that repeatedly assigns the result of <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisNeighborhood.xhtml#ac11ba1b44a1c777677276f6ec664a82d" title="Initializes neighborhood search for a set of positions.">AnalysisNeighborhood::initSearch()</a> to the same variable (see sm_distance.cpp). </p>
│ │ │ +<dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000138"></a> Make it such that <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a5e749843e759e164b790eee1d8004489" title="Clears this search.">reset()</a> is not necessary to call in code that repeatedly assigns the result of <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisNeighborhood.xhtml#ac11ba1b44a1c777677276f6ec664a82d" title="Initializes neighborhood search for a set of positions.">AnalysisNeighborhood::initSearch()</a> to the same variable (see sm_distance.cpp).</p>
│ │ │ +<p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000139"></a> Consider removing <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a94cca278a9cee6a8ce84254bbecb9b90" title="Calculates the minimum distance from the reference points.">minimumDistance()</a>, as <a class="el" href="classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodSearch.xhtml#a90f03798a665eb91af207b01331f7424" title="Finds the closest reference point.">nearestPoint()</a> already returns the distance. </p>
│ │ │  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1ArrayRef.xhtml">gmx::ArrayRef&lt; T &gt;</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000157"></a> This class is not complete. There are likely also methods missing (not required for current usage). </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1Awh.xhtml">gmx::Awh</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000012"></a><a class="el" href="classgmx_1_1Update.xhtml" title="Contains data for update phase.">Update</a> parameter reading and checkpointing, when general C++ framework is ready.  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="namespacegmx.xhtml#ad95d30be525ee425b837e73681541507">gmx::BoxMatrix</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000152"></a>Implement a full replacement for C-style real[DIM][DIM]  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1CheckpointHandler.xhtml#a59e6140303fe71dc0f4ada1375b13153">gmx::CheckpointHandler::decideIfCheckpointingThisStep</a>  (bool bNS, bool bFirstStep, bool bLastStep)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000066"></a>Change these bools to enums to make calls more self-explanatory  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1CheckpointHelper.xhtml">gmx::CheckpointHelper</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000112"></a>Develop this into a module solely providing a file handler to modules for checkpoint reading and writing.  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="namespacegmx.xhtml#a36a614356b557457126513747fbb559f">gmx::checkUserGpuIds</a>  (const <a class="el" href="structgmx__gpu__info__t.xhtml" title="Information about GPU devices on this physical node.">gmx_gpu_info_t</a> &amp;gpu_info, const std::vector&lt; int &gt; &amp;compatibleGpus, const std::vector&lt; int &gt; &amp;gpuIds)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000149"></a>Note that the selected GPUs can be different on each rank, and the IDs of compatible GPUs can be different on each node, so this routine ought to do communication to determine whether all ranks are able to proceed. Currently this relies on the MPI runtime to kill the other processes because GROMACS lacks the appropriate infrastructure to do a good job of coordinating error messages and behaviour across MPMD ranks and multiple simulations. </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1ClfftInitializer.xhtml">gmx::ClfftInitializer</a>  </dt>
│ │ │ -<dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000047"></a>Consider implementing an appropriate flavor of the nifty counter idiom so that both static initialization and deinitialization can work in a fast, leak-free, and thread-safe way without imposing constraints on the calling code. See Redmine #2535. </p>
│ │ │ -<p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000046"></a>Consider making a composite object that also handles on-demand compilation, managing lifetime of PME FFT kernel programs to avoid exhausting resources and/or recompiling kernels previously used. See Redmine #2535. </p>
│ │ │ +<dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000046"></a>Consider making a composite object that also handles on-demand compilation, managing lifetime of PME FFT kernel programs to avoid exhausting resources and/or recompiling kernels previously used. See Redmine #2535.</p>
│ │ │ +<p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000047"></a>Consider implementing an appropriate flavor of the nifty counter idiom so that both static initialization and deinitialization can work in a fast, leak-free, and thread-safe way without imposing constraints on the calling code. See Redmine #2535.  </p>
│ │ │  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1compat_1_1not__null.xhtml">gmx::compat::not_null&lt; T &gt;</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000015"></a>Eliminate this when we require a version of C++ that supports std::not_null.  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1Constraints.xhtml#a123bdbf22e047437544d48619ffa64c9">gmx::Constraints::setConstraints</a>  (const <a class="el" href="structgmx__localtop__t.xhtml" title="The fully written out topology for a domain over its lifetime.">gmx_localtop_t</a> &amp;top, const <a class="el" href="structt__mdatoms.xhtml" title="Declares mdatom data structure.">t_mdatoms</a> &amp;md)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000068"></a>Make this a callback that is called automatically once a new domain has been made.  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a49afd5b53ba3b039418a0ea819f716b2">gmx::ConstraintsElement&lt; variable &gt;::elementSetup</a>  () override</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000113"></a>Should this rather happen at grompp time? Right position of this operation is currently depending on the integrator algorithm (after domdec, before compute globals...), so doing this earlier would be much more stable!  </dd>
│ │ │ @@ -154,16 +154,16 @@
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="namespacegmx.xhtml#a14ac652392d2a98ce5a3b3a3ca809206">gmx::getPageSize</a>  ()</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000156"></a>Move this function into sysinfo.cpp where other OS-specific code/includes live  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1GpuTaskAssignments.xhtml#a414447baa42eb2d6deabe6fe4bd64ff3">gmx::GpuTaskAssignments::initNonbondedDevice</a>  (const t_commrec *cr) const</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000148"></a>This also sets up DLB for device sharing, where appropriate, but that responsbility should move elsewhere.  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1GpuTaskAssignments.xhtml#a0949f5e2c2d5bc005db0c72a5857c85e">gmx::GpuTaskAssignments::reportGpuUsage</a>  (const <a class="el" href="classgmx_1_1MDLogger.xhtml" title="Declares a logging interface.">MDLogger</a> &amp;mdlog, bool printHostName, bool useGpuForBonded, PmeRunMode pmeRunMode, bool useGpuForUpdate)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000147"></a>It could be useful to report also whether any nodes differed, and in what way. </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1GpuTaskAssignmentsBuilder.xhtml">gmx::GpuTaskAssignmentsBuilder</a>  </dt>
│ │ │ -<dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000145"></a>Later, this might become a loop over all registered modules relevant to the mdp inputs, to find those that have such tasks.</p>
│ │ │ -<p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000146"></a>Later we might need the concept of computeTasksOnThisRank, from which we construct gpuTasksOnThisRank. </p>
│ │ │ +<dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000146"></a>Later we might need the concept of computeTasksOnThisRank, from which we construct gpuTasksOnThisRank.</p>
│ │ │ +<p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000145"></a>Later, this might become a loop over all registered modules relevant to the mdp inputs, to find those that have such tasks. </p>
│ │ │  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06">gmx::GromacsException::prependContext</a>  (const std::string &amp;context)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000162"></a> The added information is currently not accessible through <a class="el" href="classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1c47abcf4fd5758615b74b11dcff50d5" title="Returns the reason string for the exception.">what()</a>, nor through any other means except for calling <a class="el" href="group__module__utility.xhtml#gac6287dc8a550a2d54429e44994e00e58" title="Formats a standard fatal error message for reporting an exception.">printFatalErrorMessage()</a>, <a class="el" href="group__module__utility.xhtml#gac7703ad35b606758d2d12edc0a3d5217" title="Formats an error message for reporting an exception.">formatExceptionMessageToString()</a> or <a class="el" href="group__module__utility.xhtml#gac5e6f6ec944fb2484d6f273c9a0ff495" title="Formats an error message for reporting an exception.">formatExceptionMessageToFile()</a>. See <a class="el" href="classgmx_1_1ExceptionInitializer.xhtml" title="Provides information for Gromacs exception constructors.">ExceptionInitializer</a> for more discussion.  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6bec872f46ecd34601df72141fca3739">gmx::HelpWriterContext::setReplacement</a>  (const std::string &amp;search, const std::string &amp;replace)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000125"></a> Improve semantics if the same <code>search</code> item is set multiple times.  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml">gmx::HostAllocationPolicy</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000051"></a>As a minor optimization, consider also having a stateless version of this policy, which might be slightly faster or more convenient to use in the cases where it is known at compile time that the allocation will be used to transfer to a GPU.  </dd>
│ │ │ @@ -180,16 +180,16 @@
│ │ │  <p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000081"></a>Modules in mdrun should acquire proper option handling so that all of these declarations and defaults are local to the modules. </p>
│ │ │  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1LegacyMdrunOptions.xhtml#a38d4a34d2ac01acfe853e84393cf1fc6">gmx::LegacyMdrunOptions::oenv</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000083"></a>Clarify initialization, ownership, and lifetime.  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1MDAtoms.xhtml">gmx::MDAtoms</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000075"></a>The group-scheme kernels needed a plain C-style <a class="el" href="structt__mdatoms.xhtml" title="Declares mdatom data structure.">t_mdatoms</a>, so this type combines that with the memory management needed for efficient PME on GPU transfers. The mdatoms_ member should be removed.  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1Mdrunner.xhtml">gmx::Mdrunner</a>  </dt>
│ │ │ -<dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000088"></a>Most of the attributes should be declared by specific modules as command-line options. Accordingly, they do not conform to the naming scheme, because that would make for a lot of noise in the diff, only to have it change again when the options move to their modules.</p>
│ │ │ -<p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000089"></a>Preparing logging and MPI contexts could probably be a higher-level responsibility, so that an <a class="el" href="classgmx_1_1Mdrunner.xhtml" title="Runner object for supporting setup and execution of mdrun.">Mdrunner</a> would get made without needing to re-initialize these components (as currently happens always for the master rank, and differently for the spawned ranks with thread-MPI). </p>
│ │ │ +<dd><p class="startdd"><a class="anchor" id="_todo000089"></a>Preparing logging and MPI contexts could probably be a higher-level responsibility, so that an <a class="el" href="classgmx_1_1Mdrunner.xhtml" title="Runner object for supporting setup and execution of mdrun.">Mdrunner</a> would get made without needing to re-initialize these components (as currently happens always for the master rank, and differently for the spawned ranks with thread-MPI).</p>
│ │ │ +<p class="enddd"><a class="anchor" id="_todo000088"></a>Most of the attributes should be declared by specific modules as command-line options. Accordingly, they do not conform to the naming scheme, because that would make for a lot of noise in the diff, only to have it change again when the options move to their modules. </p>
│ │ │  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1Mdrunner.xhtml#ac0067c523a99846930228d5e58762ed6">gmx::Mdrunner::addPotential</a>  (std::shared_ptr&lt; IRestraintPotential &gt; restraint, const std::string &amp;name)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000090"></a><a class="el" href="classgmx_1_1Mdrunner.xhtml" title="Runner object for supporting setup and execution of mdrun.">Mdrunner</a> should fetch such resources from the <a class="el" href="classgmx_1_1SimulationContext.xhtml" title="Simulation environment and configuration.">SimulationContext</a> rather than offering this public interface.  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="namespacegmx.xhtml#a516559bb0e35192a8b312c0c15b28daa">gmx::openTNG</a>  (const std::string &amp;name, const <a class="el" href="classgmx_1_1Selection.xhtml" title="Provides access to a single selection.">Selection</a> &amp;sel, const gmx_mtop_t *mtop)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000017"></a>Those should be methods in a replacement for t_trxstatus instead.  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="namespacegmx.xhtml#a3f775199bddf83f286ee8172f7dda987">gmx::OptionFlag</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000129"></a> The flags related to default values are confusing, consider reorganizing them.  </dd>
│ │ │ @@ -223,76 +223,76 @@
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000178"></a>Eliminate this limitation of TinyXML2. See e.g. <a href="https://github.com/leethomason/tinyxml2/issues/432">https://github.com/leethomason/tinyxml2/issues/432</a>  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a87a974330d5791f7410e6b20e516d5ae">gmx::TextWriter::wrapperSettings</a>  ()</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000167"></a> Wrapping is not currently implemented for code that writes partial lines with <a class="el" href="classgmx_1_1TextWriter.xhtml#a7a6aceff08f3a9bb9c5514892ea3dc3e" title="Writes a string to the stream.">writeString()</a>.  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#a5f16e5f1f376a4df101ff36d9f859a48">gmx::TopologyInformation::fillFromInputFile</a>  (const std::string &amp;filename)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000155"></a>This should throw upon error but currently does not.  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings.xhtml">gmx::TrajectoryAnalysisSettings</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000153"></a> Remove plain flags from the public interface. </dd>
│ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="group__module__utility.xhtml#ga33e34477bae2bbb86c4d9af1823e3fd0">GMX_UNUSED_VALUE</a>  (value)</dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000158"></a>Deprecated - use gmx_unused  </dd>
│ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="manage__threading_8h.xhtml#ac33f2fc3d292ac10c5bfd0f1b2f0e4c8">init_bonded_threading</a>  (FILE *fplog, int nenergrp)</dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000061"></a>Avoid explicit pointers by using Impl  </dd>
│ │ │ +<dt>Module <a class="el" href="group__module__modularsimulator.xhtml">module_modularsimulator</a>  </dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000115"></a>Can we link to <code>docs/doxygen/lib/modularsimulator.md</code>? </dd>
│ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#a1774a9bd62826af411a6e75debb069a1">pme_gpu_reinit_computation</a>  (const gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle)</dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000030"></a>Rename this function to <em>clear</em> &ndash; it clearly only does output resetting and we should be clear about what the function does.. </dd>
│ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#a9faddde52f5a636410141f52cc95d3e1">pme_gpu_task_enabled</a>  (const gmx_pme_t *pme)</dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000029"></a>This is a rather static data that should be managed by the hardware assignment manager. For now, it is synonymous with the active PME codepath (in the absence of dynamic switching). </dd>
│ │ │ +<dt>File <a class="el" href="pme__gpu__types__host_8h.xhtml">pme_gpu_types_host.h</a>  </dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000034"></a>Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: &ndash; bringing the function names up to guidelines &ndash; PmeGpuSettings -&gt; PmeGpuTasks &ndash; refining GPU notation application (#2053) &ndash; renaming coefficients to charges (?) </dd>
│ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a50a6f8b3da52aa9a5f806f9309e2d0fb">PreprocessingAtomTypes::atomTypeFromName</a>  (const std::string &amp;str) const</dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000038"></a>The code should be changed to instead use a <a class="el" href="namespacegmx_1_1compat.xhtml" title="Compatibility aliases for standard library features.">gmx::compat</a> version of std::optional to return an iterator to the element being searched, or an empty optional construct if the entry has not been found. </dd>
│ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="classPreprocessingBondAtomType.xhtml#a47b01acdc202b43fae0fcc286955abb2">PreprocessingBondAtomType::bondAtomTypeFromName</a>  (const std::string &amp;str) const</dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000039"></a>The code should be changed to instead use a <a class="el" href="namespacegmx_1_1compat.xhtml" title="Compatibility aliases for standard library features.">gmx::compat</a> version of std::optional to return a handle to the element being searched, or an empty optional construct if the entry has not been found. </dd>
│ │ │ +<dt>Member <a class="el" href="smalloc_8h.xhtml#ab3d98b1efa6c2b42d2c0d216eafafec5">set_over_alloc_dd</a>  (gmx_bool set)</dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000165"></a> This is mdrun-specific, so it might be better to put this and <a class="el" href="smalloc_8h.xhtml#af1533c63c1d40c5bb9bfaaa6d898369a" title="Returns new allocation count for domain decomposition allocations.">over_alloc_dd()</a> much higher up.  </dd>
│ │ │ +<dt>File <a class="el" href="simulationsignal_8h.xhtml">simulationsignal.h</a>  </dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000079"></a>Move this to mdrunutility module alongside gathering multi-simulation communication infrastructure there. </dd>
│ │ │ +<dt>File <a class="el" href="update__constrain__cuda_8h.xhtml">update_constrain_cuda.h</a>  </dt>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000080"></a>Change "cuda" suffix to "gpu" </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="structgmx__gpu__info__t.xhtml">gmx_gpu_info_t</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000057"></a>Use a std::vector  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="structgmx__multisim__t.xhtml">gmx_multisim_t</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000094"></a>Change this to class  </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#ad5f423fc236c4c689352980cfe4a3706">gmx_pme_init</a>  (const t_commrec *cr, const <a class="el" href="structNumPmeDomains.xhtml" title="Struct for passing around the number of PME domains.">NumPmeDomains</a> &amp;numPmeDomains, const t_inputrec *ir, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const gmx_device_info_t *gpuInfo, PmeGpuProgramHandle pmeGpuProgram, const <a class="el" href="classgmx_1_1MDLogger.xhtml" title="Declares a logging interface.">gmx::MDLogger</a> &amp;mdlog)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000027"></a>We should evolve something like a <code>GpuManager</code> that holds <code>gmx_device_info_t</code> * and <code>PmeGpuProgramHandle</code> and perhaps other related things whose lifetime can/should exceed that of a task (or perhaps task manager). See Redmine #2522.  </dd>
│ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="group__module__utility.xhtml#ga33e34477bae2bbb86c4d9af1823e3fd0">GMX_UNUSED_VALUE</a>  (value)</dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000158"></a>Deprecated - use gmx_unused  </dd>
│ │ │  <dt>File <a class="el" href="gpu__testutils_8h.xhtml">gpu_testutils.h</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000048"></a>This should eventually go to src/testutils </dd>
│ │ │  <dt>File <a class="el" href="handlerestart_8h.xhtml">handlerestart.h</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000093"></a>There may be other code in runner.cpp etc. that can usefully live here </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classhistory__t.xhtml">history_t</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000096"></a>Rename this with a more descriptive name.  </dd>
│ │ │  <dt>File <a class="el" href="hostallocator_8h.xhtml">hostallocator.h</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000050"></a>This should not be in the public API, but it needs to be for the moment because <a class="el" href="state_8h.xhtml" title="This file contains the definition of the microstate of the simulated system.">state.h</a> is in that API. </dd>
│ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="manage__threading_8h.xhtml#ac33f2fc3d292ac10c5bfd0f1b2f0e4c8">init_bonded_threading</a>  (FILE *fplog, int nenergrp)</dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000061"></a>Avoid explicit pointers by using Impl  </dd>
│ │ │  <dt>File <a class="el" href="iserializer_8h.xhtml">iserializer.h</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000164"></a>Generalize and transfer serialization functionality used in mrc density file header serialization to here. </dd>
│ │ │  <dt>Module <a class="el" href="group__module__domdec.xhtml">module_domdec</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000021"></a>Get domdec stuff out of mdtypes/commrec.h </dd>
│ │ │  <dt>Module <a class="el" href="group__module__imd.xhtml">module_imd</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000058"></a>Rename the directory, source and test files to interactive_md, and prefer type names like InteractiveMDSession. Avoid ambiguity with IMDModule.  </dd>
│ │ │ -<dt>Module <a class="el" href="group__module__modularsimulator.xhtml">module_modularsimulator</a>  </dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000115"></a>Can we link to <code>docs/doxygen/lib/modularsimulator.md</code>? </dd>
│ │ │  <dt>File <a class="el" href="optional_8h.xhtml">optional.h</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000014"></a>Remove when requiring C++17, which has a standardized version of std::optional. </dd>
│ │ │  <dt>File <a class="el" href="pbc__aiuc_8h.xhtml">pbc_aiuc.h</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000130"></a>CPU, GPU and SIMD routines essentially do the same operations on different data-types. Currently this leads to code duplication, which has to be resolved. For details, see Redmine task #2863 <a href="https://redmine.gromacs.org/issues/2863">https://redmine.gromacs.org/issues/2863</a> </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="pbc__aiuc_8h.xhtml#ad6672483b8f9d260ae582c4a63dafa6f">pbcDxAiuc</a>  (const <a class="el" href="structPbcAiuc.xhtml" title="Compact and ordered version of the PBC matrix.">PbcAiuc</a> &amp;pbcAiuc, const rvec &amp;r1, const rvec &amp;r2, rvec dr)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000131"></a>This routine operates on rvec types and uses <a class="el" href="structPbcAiuc.xhtml" title="Compact and ordered version of the PBC matrix.">PbcAiuc</a> to define periodic box, but essentially does the same thing as SIMD and GPU version. These will have to be unified in future to avoid code duplication. See Redmine task #2863: <a href="https://redmine.gromacs.org/issues/2863">https://redmine.gromacs.org/issues/2863</a> </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="oclutils_8h.xhtml#a9d93e8a2bfb05f912fbdbcf01122db48">pmalloc</a>  (void **h_ptr, size_t nbytes)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000055"></a> This function should allocate page-locked memory to help reduce D2H and H2D transfer times, similar with pmalloc from pmalloc_cuda.cu. </dd>
│ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#a1774a9bd62826af411a6e75debb069a1">pme_gpu_reinit_computation</a>  (const gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle)</dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000030"></a>Rename this function to <em>clear</em> &ndash; it clearly only does output resetting and we should be clear about what the function does.. </dd>
│ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#a9faddde52f5a636410141f52cc95d3e1">pme_gpu_task_enabled</a>  (const gmx_pme_t *pme)</dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000029"></a>This is a rather static data that should be managed by the hardware assignment manager. For now, it is synonymous with the active PME codepath (in the absence of dynamic switching). </dd>
│ │ │ -<dt>File <a class="el" href="pme__gpu__types__host_8h.xhtml">pme_gpu_types_host.h</a>  </dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000034"></a>Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: &ndash; bringing the function names up to guidelines &ndash; PmeGpuSettings -&gt; PmeGpuTasks &ndash; refining GPU notation application (#2053) &ndash; renaming coefficients to charges (?) </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#a9cfbe9fa691aabaf1a9e10fa06858c96">pme_run_mode</a>  (const gmx_pme_t *pme)</dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000028"></a>This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler. </dd>
│ │ │  <dt>Member <a class="el" href="pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791">PmeRunMode</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000026"></a>: make this enum class with gmx_pme_t C++ refactoring  </dd>
│ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="classPreprocessingAtomTypes.xhtml#a50a6f8b3da52aa9a5f806f9309e2d0fb">PreprocessingAtomTypes::atomTypeFromName</a>  (const std::string &amp;str) const</dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000038"></a>The code should be changed to instead use a <a class="el" href="namespacegmx_1_1compat.xhtml" title="Compatibility aliases for standard library features.">gmx::compat</a> version of std::optional to return an iterator to the element being searched, or an empty optional construct if the entry has not been found. </dd>
│ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="classPreprocessingBondAtomType.xhtml#a47b01acdc202b43fae0fcc286955abb2">PreprocessingBondAtomType::bondAtomTypeFromName</a>  (const std::string &amp;str) const</dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000039"></a>The code should be changed to instead use a <a class="el" href="namespacegmx_1_1compat.xhtml" title="Compatibility aliases for standard library features.">gmx::compat</a> version of std::optional to return a handle to the element being searched, or an empty optional construct if the entry has not been found. </dd>
│ │ │ -<dt>Member <a class="el" href="smalloc_8h.xhtml#ab3d98b1efa6c2b42d2c0d216eafafec5">set_over_alloc_dd</a>  (gmx_bool set)</dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000165"></a> This is mdrun-specific, so it might be better to put this and <a class="el" href="smalloc_8h.xhtml#af1533c63c1d40c5bb9bfaaa6d898369a" title="Returns new allocation count for domain decomposition allocations.">over_alloc_dd()</a> much higher up.  </dd>
│ │ │ -<dt>File <a class="el" href="simulationsignal_8h.xhtml">simulationsignal.h</a>  </dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000079"></a>Move this to mdrunutility module alongside gathering multi-simulation communication infrastructure there. </dd>
│ │ │  <dt>File <a class="el" href="snprintf_8h.xhtml">snprintf.h</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000166"></a>When all callers of snprintf compile as C++, perhaps use <a class="el" href="group__module__utility.xhtml#gaed06df18ca6f9fc3f42bad9ea4d7e025" title="Formats a string (snprintf() wrapper).">gmx::formatString()</a> everywhere instead of snprintf. </dd>
│ │ │  <dt>File <a class="el" href="string__view_8h.xhtml">string_view.h</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000016"></a>Remove when requiring C++17, which has a standardized version of std::string_view. </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="structt__matrix.xhtml">t_matrix</a>  </dt>
│ │ │  <dd><a class="anchor" id="_todo000037"></a>nx and ny should probably be replaced by operations on the extent of matrix, but currently there is only limited ability to iterate over contents of matrix.  </dd>
│ │ │  <dt>Class <a class="el" href="classt__state.xhtml">t_state</a>  </dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000098"></a>Move pure observables history to <a class="el" href="structObservablesHistory.xhtml" title="Observables history, for writing/reading to/from checkpoint file.">ObservablesHistory</a>.  </dd>
│ │ │ -<dt>File <a class="el" href="update__constrain__cuda_8h.xhtml">update_constrain_cuda.h</a>  </dt>
│ │ │ -<dd><a class="anchor" id="_todo000080"></a>Change "cuda" suffix to "gpu"</dd>
│ │ │ +<dd><a class="anchor" id="_todo000098"></a>Move pure observables history to <a class="el" href="structObservablesHistory.xhtml" title="Observables history, for writing/reading to/from checkpoint file.">ObservablesHistory</a>. </dd>
│ │ │  </dl>
│ │ │  </div></div><!-- contents -->
│ │ │  </div><!-- PageDoc -->
│ │ │  <!-- start footer part -->
│ │ │  <hr class="footer"/><address class="footer"><small>
│ │ │  Generated by&#160;<a href="https://www.doxygen.org/index.html"><img class="footer" src="doxygen.svg" width="104" height="31" alt="doxygen"/></a> 1.9.1
│ │ │  </small></address>
│ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/todo.xml.gz
│ │ │ ├── todo.xml
│ │ │ │ ├── todo.xml
│ │ │ │ │ @@ -6,14 +6,160 @@
│ │ │ │ │      <briefdescription/>
│ │ │ │ │      <detaileddescription>
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│ │ │ │ │                Member
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│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000038"/>
│ │ │ │ │ +              Estimate performance differences
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│ │ │ │ │ +              Member
│ │ │ │ │ +              <ref refid="parser__internal_8h_1a62f90d9ec52c521531374502dccc7cc2" kindref="member">CHECK_SEL</ref>
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│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000194"/>
│ │ │ │ │ +              Get rid of this macro. It should now be possible to handle all errors using exceptions.
│ │ │ │ │ +            </para>
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│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000218"/>
│ │ │ │ │ +              These will be superseded by tests of the new style analysis modules.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +          </listitem>
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│ │ │ │ │ +              File
│ │ │ │ │ +              <ref refid="compiler_8cpp" kindref="compound">compiler.cpp</ref>
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│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000183"/>
│ │ │ │ │ +              Better error handling and memory management in error situations. At least, the main compilation function leaves the selection collection in a bad state if an error occurs.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000184"/>
│ │ │ │ │ +              The memory usage could still be optimized. Use of memory pooling could still be extended, and a lot of redundant gmin/gmax data could be eliminated for complex arithmetic expressions.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +          </listitem>
│ │ │ │ │ +          <varlistentry>
│ │ │ │ │ +            <term>
│ │ │ │ │ +              File
│ │ │ │ │ +              <ref refid="tests_2constr_8cpp" kindref="compound">constr.cpp</ref>
│ │ │ │ │ +            </term>
│ │ │ │ │ +          </varlistentry>
│ │ │ │ │ +          <listitem>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000095"/>
│ │ │ │ │ +              Better tests for virial are needed.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +            <para>Tests for bigger systems to test threads synchronization, reduction, etc. on the GPU.</para>
│ │ │ │ │ +            <para>Tests for algorithms for derivatives.</para>
│ │ │ │ │ +            <para>Free-energy perturbation tests</para>
│ │ │ │ │ +          </listitem>
│ │ │ │ │ +          <varlistentry>
│ │ │ │ │ +            <term>
│ │ │ │ │ +              Member
│ │ │ │ │ +              <ref refid="domdec__network_8h_1aa19abb9a9b9ce1ed0de5d259452f9e2c" kindref="member">ddSendrecv</ref>
│ │ │ │ │ +              (const
│ │ │ │ │ +              <ref refid="structgmx__domdec__t" kindref="compound">gmx_domdec_t</ref>
│ │ │ │ │ +              *dd, int ddDimensionIndex, int direction, T *sendBuffer, int numElementsToSend, T *receiveBuffer, int numElementsToReceive)
│ │ │ │ │ +            </term>
│ │ │ │ │ +          </varlistentry>
│ │ │ │ │ +          <listitem>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000027"/>
│ │ │ │ │ +              This function template is deprecated, new calls should be made to the version taking ArrayRef parameters and this function template removed when unused.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +          </listitem>
│ │ │ │ │ +          <varlistentry>
│ │ │ │ │ +            <term>
│ │ │ │ │ +              Member
│ │ │ │ │ +              <ref refid="state_8h_1aa4de64296c013fbd01f41b25c64a774c" kindref="member">df_history_t</ref>
│ │ │ │ │ +            </term>
│ │ │ │ │ +          </varlistentry>
│ │ │ │ │ +          <listitem>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000139"/>
│ │ │ │ │ +              Split out into microstate and observables history.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +          </listitem>
│ │ │ │ │ +          <varlistentry>
│ │ │ │ │ +            <term>
│ │ │ │ │ +              Member
│ │ │ │ │ +              <ref refid="dir__separator_8h_1a0920890c442b665b0c6609fa796e9047" kindref="member">DIR_SEPARATOR</ref>
│ │ │ │ │ +            </term>
│ │ │ │ │ +          </varlistentry>
│ │ │ │ │ +          <listitem>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000225"/>
│ │ │ │ │ +              Get rid of this (Redmine #950). It is not necessary for constructing paths on the systems that it currently supports, and is not reliable in parsing input paths either, since Windows needs to accept both instead of only DIR_SEPARATOR. At the very least, we should refactor the clients of this header so that they operate upon path objects rather than raw path strings.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +          </listitem>
│ │ │ │ │ +          <varlistentry>
│ │ │ │ │ +            <term>
│ │ │ │ │ +              File
│ │ │ │ │ +              <ref refid="evaluate_8cpp" kindref="compound">evaluate.cpp</ref>
│ │ │ │ │ +            </term>
│ │ │ │ │ +          </varlistentry>
│ │ │ │ │ +          <listitem>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000186"/>
│ │ │ │ │ +              One of the major bottlenecks for selection performance is that all the evaluation is carried out for atoms. There are several cases when the evaluation could be done for residues or molecules instead, including keywords that select by residue and cases where residue centers are used as reference positions. Implementing this would require a mechanism for recognizing whether something can be evaluated by residue/molecule instead by atom, and converting selections by residue/molecule into selections by atom when necessary.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +          </listitem>
│ │ │ │ │ +          <varlistentry>
│ │ │ │ │ +            <term>
│ │ │ │ │ +              File
│ │ │ │ │ +              <ref refid="tests_2expanded_8cpp" kindref="compound">expanded.cpp</ref>
│ │ │ │ │ +            </term>
│ │ │ │ │ +          </varlistentry>
│ │ │ │ │ +          <listitem>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000098"/>
│ │ │ │ │ +              Add more tests as the expanded ensemble implementation gets more modular (#3848).
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +          </listitem>
│ │ │ │ │ +          <varlistentry>
│ │ │ │ │ +            <term>
│ │ │ │ │ +              Member
│ │ │ │ │ +              <ref refid="expfit_8h_1a560ea7d97277b9e0576776ec695fb9b3" kindref="member">fit_acf</ref>
│ │ │ │ │ +              (int ncorr, int fitfn, const
│ │ │ │ │ +              <ref refid="structgmx__output__env__t" kindref="compound">gmx_output_env_t</ref>
│ │ │ │ │ +              *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit)
│ │ │ │ │ +            </term>
│ │ │ │ │ +          </varlistentry>
│ │ │ │ │ +          <listitem>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000024"/>
│ │ │ │ │ +              check parameters
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +          </listitem>
│ │ │ │ │ +          <varlistentry>
│ │ │ │ │ +            <term>
│ │ │ │ │ +              Member
│ │ │ │ │                <ref refid="evaluate_8h_1a83156ae734e0a975b7498826dee5bee4" kindref="member">_gmx_sel_evaluate_subexpr</ref>
│ │ │ │ │                (
│ │ │ │ │                <ref refid="structgmx__sel__evaluate__t" kindref="compound">gmx_sel_evaluate_t</ref>
│ │ │ │ │                *data, const
│ │ │ │ │                <ref refid="namespacegmx_1a2804c9c82f2a9bd0ec94d3c2f1003f42" kindref="member">gmx::SelectionTreeElementPointer</ref>
│ │ │ │ │                &amp;sel,
│ │ │ │ │                <ref refid="structgmx__ana__index__t" kindref="compound">gmx_ana_index_t</ref>
│ │ │ │ │ @@ -104,21 +250,21 @@
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │                <ref refid="boxdeformation_8cpp" kindref="compound">boxdeformation.cpp</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000079"/>
│ │ │ │ │ -              grompp should set up fields in the tpr file that carry the information about the original box, then the deform module would can be build alongside the update module, rather than need to be set up before the checkpoint is read.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000078"/>
│ │ │ │ │                The .mdp specification should have a boolean for this module.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000079"/>
│ │ │ │ │ +              grompp should set up fields in the tpr file that carry the information about the original box, then the deform module would can be build alongside the update module, rather than need to be set up before the checkpoint is read.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                Member
│ │ │ │ │                <ref refid="gpu__utils_8h_1a7211e54946ef7b5f5ac17a321fc03b9b" kindref="member">buildSupportsNonbondedOnGpu</ref>
│ │ │ │ │                (std::string *error)
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │ @@ -140,39 +286,14 @@
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000039"/>
│ │ │ │ │                Estimate performance differences.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                Member
│ │ │ │ │ -              <ref refid="pme__gpu__constants_8h_1afae4fdf525a12645d708b29293436df0" kindref="member">c_usePadding</ref>
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000038"/>
│ │ │ │ │ -              Estimate performance differences
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │ -              Member
│ │ │ │ │ -              <ref refid="parser__internal_8h_1a62f90d9ec52c521531374502dccc7cc2" kindref="member">CHECK_SEL</ref>
│ │ │ │ │ -              (sel)
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000194"/>
│ │ │ │ │ -              Get rid of this macro. It should now be possible to handle all errors using exceptions.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │ -              Member
│ │ │ │ │                <ref refid="pme__gpu__internal_8cpp_1a1d116c3487f18ead5ae5bc36bda98a37" kindref="member">checkDeviceBuffer</ref>
│ │ │ │ │                (DeviceBuffer&lt; T &gt; buffer, int requiredSize)
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000040"/>
│ │ │ │ │ @@ -193,57 +314,14 @@
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000049"/>
│ │ │ │ │                Remove once constructor/destructor takes care of all of this.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │ -              <ref refid="clustsize_8cpp" kindref="compound">clustsize.cpp</ref>
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000218"/>
│ │ │ │ │ -              These will be superseded by tests of the new style analysis modules.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │ -              File
│ │ │ │ │ -              <ref refid="compiler_8cpp" kindref="compound">compiler.cpp</ref>
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000184"/>
│ │ │ │ │ -              The memory usage could still be optimized. Use of memory pooling could still be extended, and a lot of redundant gmin/gmax data could be eliminated for complex arithmetic expressions.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000183"/>
│ │ │ │ │ -              Better error handling and memory management in error situations. At least, the main compilation function leaves the selection collection in a bad state if an error occurs.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │ -              File
│ │ │ │ │ -              <ref refid="tests_2constr_8cpp" kindref="compound">constr.cpp</ref>
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000095"/>
│ │ │ │ │ -              Better tests for virial are needed.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -            <para>Tests for bigger systems to test threads synchronization, reduction, etc. on the GPU.</para>
│ │ │ │ │ -            <para>Tests for algorithms for derivatives.</para>
│ │ │ │ │ -            <para>Free-energy perturbation tests</para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │ -              File
│ │ │ │ │                <ref refid="constrtestdata_8cpp" kindref="compound">constrtestdata.cpp</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000096"/>
│ │ │ │ │                Better tests for virial are needed.
│ │ │ │ │ @@ -281,53 +359,14 @@
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000200"/>
│ │ │ │ │                The modifier handling could be made more flexible and more generic; the current implementation does not allow many things which would be possible with slight changes in the internals of the library.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │ -              Member
│ │ │ │ │ -              <ref refid="domdec__network_8h_1aa19abb9a9b9ce1ed0de5d259452f9e2c" kindref="member">ddSendrecv</ref>
│ │ │ │ │ -              (const
│ │ │ │ │ -              <ref refid="structgmx__domdec__t" kindref="compound">gmx_domdec_t</ref>
│ │ │ │ │ -              *dd, int ddDimensionIndex, int direction, T *sendBuffer, int numElementsToSend, T *receiveBuffer, int numElementsToReceive)
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000027"/>
│ │ │ │ │ -              This function template is deprecated, new calls should be made to the version taking ArrayRef parameters and this function template removed when unused.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │ -              Member
│ │ │ │ │ -              <ref refid="state_8h_1aa4de64296c013fbd01f41b25c64a774c" kindref="member">df_history_t</ref>
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000139"/>
│ │ │ │ │ -              Split out into microstate and observables history.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │ -              Member
│ │ │ │ │ -              <ref refid="dir__separator_8h_1a0920890c442b665b0c6609fa796e9047" kindref="member">DIR_SEPARATOR</ref>
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000225"/>
│ │ │ │ │ -              Get rid of this (Redmine #950). It is not necessary for constructing paths on the systems that it currently supports, and is not reliable in parsing input paths either, since Windows needs to accept both instead of only DIR_SEPARATOR. At the very least, we should refactor the clients of this header so that they operate upon path objects rather than raw path strings.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │                <ref refid="domdec__network_8h" kindref="compound">domdec_network.h</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000026"/>
│ │ │ │ │ @@ -350,64 +389,25 @@
│ │ │ │ │              <para>Average and sum in edr file test.</para>
│ │ │ │ │              <para>AWH output tests.</para>
│ │ │ │ │              <para>The log and edr outputs are currently saved to the file on the disk and then read to compare with the reference data. This will be more elegant (and run faster) when we refactor the output routines to write to a stream interface, which can already be handled in-memory when running tests.</para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │ -              <ref refid="evaluate_8cpp" kindref="compound">evaluate.cpp</ref>
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000186"/>
│ │ │ │ │ -              One of the major bottlenecks for selection performance is that all the evaluation is carried out for atoms. There are several cases when the evaluation could be done for residues or molecules instead, including keywords that select by residue and cases where residue centers are used as reference positions. Implementing this would require a mechanism for recognizing whether something can be evaluated by residue/molecule instead by atom, and converting selections by residue/molecule into selections by atom when necessary.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │ -              File
│ │ │ │ │                <ref refid="exactcontinuation_8cpp" kindref="compound">exactcontinuation.cpp</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000235"/>
│ │ │ │ │                Extend the coverage to the appending case.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │ -              File
│ │ │ │ │ -              <ref refid="tests_2expanded_8cpp" kindref="compound">expanded.cpp</ref>
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000098"/>
│ │ │ │ │ -              Add more tests as the expanded ensemble implementation gets more modular (#3848).
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │ -              Member
│ │ │ │ │ -              <ref refid="expfit_8h_1a560ea7d97277b9e0576776ec695fb9b3" kindref="member">fit_acf</ref>
│ │ │ │ │ -              (int ncorr, int fitfn, const
│ │ │ │ │ -              <ref refid="structgmx__output__env__t" kindref="compound">gmx_output_env_t</ref>
│ │ │ │ │ -              *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit)
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000024"/>
│ │ │ │ │ -              check parameters
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │                Member
│ │ │ │ │                <ref refid="listed__forces_2utilities_8h_1a02435a07d79c82f6d260d8a2dcc82b90" kindref="member">ftype_is_bonded_potential</ref>
│ │ │ │ │                (int ftype)
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │ @@ -444,23 +444,23 @@
│ │ │ │ │                Member
│ │ │ │ │                <ref refid="classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1a90b99e3f700dbb8992a2d65a6b2a6de5" kindref="member">gmx::AbstractAnalysisData::addColumnModule</ref>
│ │ │ │ │                (int col, int span, const AnalysisDataModulePointer &amp;module)
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000003"/>
│ │ │ │ │ +              Generalize this method to multiple data sets (e.g., for adding modules that only process a single data set).
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000002"/>
│ │ │ │ │                This method doesn't currently work in all cases with multipoint data or with multiple data sets. In particular, if the added module requests storage and uses
│ │ │ │ │                <ref refid="classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1a0443667626b1e371ff9eef6143383c31" kindref="member">getDataFrame()</ref>
│ │ │ │ │                , it will behave unpredictably (most likely asserts).
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000003"/>
│ │ │ │ │ -              Generalize this method to multiple data sets (e.g., for adding modules that only process a single data set).
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                Member
│ │ │ │ │                <ref refid="classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1ae095550bd347b42db3c49e064bc44228" kindref="member">gmx::AbstractAnalysisData::applyModule</ref>
│ │ │ │ │                (
│ │ │ │ │                <ref refid="classgmx_1_1IAnalysisDataModule" kindref="compound">IAnalysisDataModule</ref>
│ │ │ │ │ @@ -983,21 +983,21 @@
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                Class
│ │ │ │ │                <ref refid="classgmx_1_1GpuTaskAssignmentsBuilder" kindref="compound">gmx::GpuTaskAssignmentsBuilder</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000207"/>
│ │ │ │ │ -              Later we might need the concept of computeTasksOnThisRank, from which we construct gpuTasksOnThisRank.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000206"/>
│ │ │ │ │                Later, this might become a loop over all registered modules relevant to the mdp inputs, to find those that have such tasks.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000207"/>
│ │ │ │ │ +              Later we might need the concept of computeTasksOnThisRank, from which we construct gpuTasksOnThisRank.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                Member
│ │ │ │ │                <ref refid="classgmx_1_1GromacsException_1a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06" kindref="member">gmx::GromacsException::prependContext</ref>
│ │ │ │ │                (const std::string &amp;context)
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │ @@ -2493,26 +2493,14 @@
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000164"/>
│ │ │ │ │                Needs a useful name.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │ -              <ref refid="tests_2nbsearch_8cpp" kindref="compound">nbsearch.cpp</ref>
│ │ │ │ │ -            </term>
│ │ │ │ │ -          </varlistentry>
│ │ │ │ │ -          <listitem>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000204"/>
│ │ │ │ │ -              Increase coverage of these tests for different corner cases: other PBC cases than full 3D, large cutoffs (larger than half the box size), etc. At least some of these probably don't work correctly.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -          </listitem>
│ │ │ │ │ -          <varlistentry>
│ │ │ │ │ -            <term>
│ │ │ │ │ -              File
│ │ │ │ │                <ref refid="nbsearch_8cpp" kindref="compound">nbsearch.cpp</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000190"/>
│ │ │ │ │                The grid implementation could still be optimized in several different ways:
│ │ │ │ │ @@ -2525,14 +2513,26 @@
│ │ │ │ │                  </listitem>
│ │ │ │ │                </itemizedlist>
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │ +              <ref refid="tests_2nbsearch_8cpp" kindref="compound">nbsearch.cpp</ref>
│ │ │ │ │ +            </term>
│ │ │ │ │ +          </varlistentry>
│ │ │ │ │ +          <listitem>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000204"/>
│ │ │ │ │ +              Increase coverage of these tests for different corner cases: other PBC cases than full 3D, large cutoffs (larger than half the box size), etc. At least some of these probably don't work correctly.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │ +          </listitem>
│ │ │ │ │ +          <varlistentry>
│ │ │ │ │ +            <term>
│ │ │ │ │ +              File
│ │ │ │ │                <ref refid="optional_8cpp" kindref="compound">optional.cpp</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000019"/>
│ │ │ │ │                Remove when requiring C++17, which has a standardized version of std::optional.
│ │ │ │ │ @@ -2737,21 +2737,21 @@
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │                <ref refid="poscalc_8cpp" kindref="compound">poscalc.cpp</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000195"/>
│ │ │ │ │ -              There is probably some room for optimization in the calculation of positions with bases. In particular, the current implementation may do a lot of unnecessary copying. The interface would need to be changed to make it possible to use the same output positions for several calculations.
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000196"/>
│ │ │ │ │                The current algorithm for setting up base calculations could be improved in cases when there are calculations that cannot use a common base but still overlap partially (e.g., with three calculations A, B, and C such that A could use both B and C as a base, but B and C cannot use the same base). Setting up the bases in an optimal manner in every possible situation can be quite difficult unless several bases are allowed for one calculation, but better heuristics could probably be implemented. For best results, the setup should probably be postponed (at least partially) to gmx_ana_poscalc_init_eval().
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000195"/>
│ │ │ │ │ +              There is probably some room for optimization in the calculation of positions with bases. In particular, the current implementation may do a lot of unnecessary copying. The interface would need to be changed to make it possible to use the same output positions for several calculations.
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                Member
│ │ │ │ │                <ref refid="classPreprocessingAtomTypes_1a50a6f8b3da52aa9a5f806f9309e2d0fb" kindref="member">PreprocessingAtomTypes::atomTypeFromName</ref>
│ │ │ │ │                (const std::string &amp;str) const
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │ @@ -2845,24 +2845,24 @@
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │                <ref refid="tests_2settle_8cpp" kindref="compound">settle.cpp</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000103"/>
│ │ │ │ │ -              The CPU and GPU versions are tested against each other. This should be changed to a proper test against pre-computed reference values. Also, these test will dry-run on a CUDA build if no CUDA-capable GPU is available.
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000101"/>
│ │ │ │ │ +              This also tests that if the calling code requires velocities and virial updates, that those outputs do change, but does not test that those changes are correct.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000102"/>
│ │ │ │ │                Only no-PBC and cubic-PBC are tested here, but the correct function of the SIMD version of set_pbx_auic in all cases should be tested elsewhere.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000101"/>
│ │ │ │ │ -              This also tests that if the calling code requires velocities and virial updates, that those outputs do change, but does not test that those changes are correct.
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000103"/>
│ │ │ │ │ +              The CPU and GPU versions are tested against each other. This should be changed to a proper test against pre-computed reference values. Also, these test will dry-run on a CUDA build if no CUDA-capable GPU is available.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │                <ref refid="simulationsignal_8cpp" kindref="compound">simulationsignal.cpp</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │ @@ -2889,21 +2889,21 @@
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │                <ref refid="sm__insolidangle_8cpp" kindref="compound">sm_insolidangle.cpp</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ │ │ │            <listitem>
│ │ │ │ │              <para>
│ │ │ │ │ -              <anchor id="todo_1_todo000202"/>
│ │ │ │ │ -              Move the covered fraction stuff somewhere else and make it more generic (along the lines it is handled in selection.h and trajana.h in the old C API).
│ │ │ │ │ -            </para>
│ │ │ │ │ -            <para>
│ │ │ │ │                <anchor id="todo_1_todo000201"/>
│ │ │ │ │                The implementation could be optimized quite a bit.
│ │ │ │ │              </para>
│ │ │ │ │ +            <para>
│ │ │ │ │ +              <anchor id="todo_1_todo000202"/>
│ │ │ │ │ +              Move the covered fraction stuff somewhere else and make it more generic (along the lines it is handled in selection.h and trajana.h in the old C API).
│ │ │ │ │ +            </para>
│ │ │ │ │            </listitem>
│ │ │ │ │            <varlistentry>
│ │ │ │ │              <term>
│ │ │ │ │                File
│ │ │ │ │                <ref refid="snprintf_8h" kindref="compound">snprintf.h</ref>
│ │ │ │ │              </term>
│ │ │ │ │            </varlistentry>
│ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/gmxapi/userguide/install.html
│ │ │ @@ -337,15 +337,15 @@
│ │ │  </div>
│ │ │  </div>
│ │ │  <div class="section" id="gmxapi-venv">
│ │ │  <span id="id3"></span><h4>Set up a Python virtual environment<a class="headerlink" href="#gmxapi-venv" title="Permalink to this headline">¶</a></h4>
│ │ │  <p>We recommend installing the Python package in a virtual environment.
│ │ │  If not installing in a virtual environment, you may not be able to install
│ │ │  necessary prerequisites (e.g. if you are not an administrator of the system you are on).</p>
│ │ │ -<p>The following instructions use the <a class="reference external" href="https://docs.python.org/3/library/venv.html#module-venv" title="(in Python v3.9)"><code class="xref py py-mod docutils literal notranslate"><span class="pre">venv</span></code></a> module.
│ │ │ +<p>The following instructions use the <a class="reference external" href="https://docs.python.org/3/library/venv.html#module-venv" title="(in Python v3.10)"><code class="xref py py-mod docutils literal notranslate"><span class="pre">venv</span></code></a> module.
│ │ │  Alternative virtual environments, such as <a class="reference external" href="https://docs.conda.io/en/latest/">Conda</a>,
│ │ │  should work fine, but are beyond the scope of this document.
│ │ │  (We welcome contributed recipes!)</p>
│ │ │  <p>Depending on your computing environment, the Python 3 interpreter may be accessed
│ │ │  with the command <strong class="command">python</strong> or <strong class="command">python3</strong>. Use <strong class="command">python --version</strong> and
│ │ │  <strong class="command">python3 --version</strong> to figure out which you need to use. The following assumes
│ │ │  the Python 3 interpreter is accessed with <strong class="command">python3</strong>.</p>
│ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/gmxapi/userguide/pythonreference.html
│ │ │ @@ -52,15 +52,15 @@
│ │ │  The pure Python implementation provides the basic <code class="docutils literal notranslate"><span class="pre">gmxapi</span></code> module and
│ │ │  classes with a very stable syntax that can be maintained with maximal compatibility
│ │ │  while mapping to lower level interfaces that may take a while to sort out. The
│ │ │  separation also serves as a reminder that different execution contexts may be
│ │ │  implemented quite diffently, though Python scripts using only the high-level
│ │ │  interface should execute on all.</p>
│ │ │  <p>Package documentation is extracted from the <code class="docutils literal notranslate"><span class="pre">gmxapi</span></code> Python module and is also available
│ │ │ -directly, using either <code class="docutils literal notranslate"><span class="pre">pydoc</span></code> from the command line or <a class="reference external" href="https://docs.python.org/3/library/functions.html#help" title="(in Python v3.9)"><code class="xref py py-func docutils literal notranslate"><span class="pre">help()</span></code></a> from within Python, such
│ │ │ +directly, using either <code class="docutils literal notranslate"><span class="pre">pydoc</span></code> from the command line or <a class="reference external" href="https://docs.python.org/3/library/functions.html#help" title="(in Python v3.10)"><code class="xref py py-func docutils literal notranslate"><span class="pre">help()</span></code></a> from within Python, such
│ │ │  as during an interactive session.</p>
│ │ │  <p>Refer to the Python source code itself for additional clarification.</p>
│ │ │  <div class="admonition seealso">
│ │ │  <p class="admonition-title">See also</p>
│ │ │  <p>This copy of the documentation was built without
│ │ │  <a class="reference internal" href="install.html"><span class="doc">installing the gmxapi package</span></a>,
│ │ │  and therefore lacks the full module reference.
│ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/gmxapi/userguide/usage.html
│ │ │ @@ -51,15 +51,15 @@
│ │ │  the gmxapi Python package (see <a class="reference internal" href="install.html"><span class="doc">Full installation instructions</span></a>), import the package in a Python
│ │ │  script or interactive interpreter. This documentation assumes a convenient alias
│ │ │  of <code class="docutils literal notranslate"><span class="pre">gmx</span></code> to refer to the <code class="docutils literal notranslate"><span class="pre">gmxapi</span></code> Python package.</p>
│ │ │  <div class="highlight-default notranslate"><div class="highlight"><pre><span></span><span class="kn">import</span> <span class="nn">gmxapi</span> <span class="k">as</span> <span class="nn">gmx</span>
│ │ │  </pre></div>
│ │ │  </div>
│ │ │  <p>For full documentation of the Python-level interface and API, use the <code class="docutils literal notranslate"><span class="pre">pydoc</span></code>
│ │ │ -command line tool or the <a class="reference external" href="https://docs.python.org/3/library/functions.html#help" title="(in Python v3.9)"><code class="xref py py-func docutils literal notranslate"><span class="pre">help()</span></code></a> interactive Python function, or refer to
│ │ │ +command line tool or the <a class="reference external" href="https://docs.python.org/3/library/functions.html#help" title="(in Python v3.10)"><code class="xref py py-func docutils literal notranslate"><span class="pre">help()</span></code></a> interactive Python function, or refer to
│ │ │  the <a class="reference internal" href="pythonreference.html"><span class="doc">gmxapi Python module reference</span></a>.</p>
│ │ │  <p>Any Python <em>exception</em> raised by gmxapi
│ │ │  should be descended from (and catchable as) <code class="xref py py-class docutils literal notranslate"><span class="pre">gmxapi.exceptions.Error</span></code>.
│ │ │  Additional status messages can be acquired through the <a class="reference internal" href="#gmxapi-logging"><span class="std std-ref">Logging</span></a>
│ │ │  facility.
│ │ │  Unfortunately, some errors occurring in the GROMACS library are not yet
│ │ │  recoverable at the Python level, and much of the standard GROMACS terminal
│ │ │ @@ -302,15 +302,15 @@
│ │ │  <span class="n">handle</span> <span class="o">=</span> <span class="n">loop</span><span class="p">()</span>
│ │ │  <span class="k">assert</span> <span class="n">handle</span><span class="o">.</span><span class="n">output</span><span class="o">.</span><span class="n">float_with_default</span><span class="o">.</span><span class="n">result</span><span class="p">()</span> <span class="o">==</span> <span class="mi">6</span>
│ │ │  </pre></div>
│ │ │  </div>
│ │ │  </div>
│ │ │  <div class="section" id="logging">
│ │ │  <span id="gmxapi-logging"></span><h2>Logging<a class="headerlink" href="#logging" title="Permalink to this headline">¶</a></h2>
│ │ │ -<p><em>gmxapi</em> uses the Python <a class="reference external" href="https://docs.python.org/3/library/logging.html#module-logging" title="(in Python v3.9)"><code class="xref py py-mod docutils literal notranslate"><span class="pre">logging</span></code></a> module to provide hierarchical
│ │ │ +<p><em>gmxapi</em> uses the Python <a class="reference external" href="https://docs.python.org/3/library/logging.html#module-logging" title="(in Python v3.10)"><code class="xref py py-mod docutils literal notranslate"><span class="pre">logging</span></code></a> module to provide hierarchical
│ │ │  logging, organized by submodule.
│ │ │  You can access the logger at <code class="docutils literal notranslate"><span class="pre">gmxapi.logger</span></code> or, after importing <em>gmxapi</em>,
│ │ │  through the Python logging framework:</p>
│ │ │  <div class="highlight-default notranslate"><div class="highlight"><pre><span></span><span class="kn">import</span> <span class="nn">gmxapi</span> <span class="k">as</span> <span class="nn">gmx</span>
│ │ │  <span class="kn">import</span> <span class="nn">logging</span>
│ │ │  
│ │ │  <span class="c1"># Get the root gmxapi logger.</span>
│ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/manual-2020.6-Debian-2020.6-2.pdf
│ │ │ ├── dumppdf -adt {}
│ │ │ │┄ error from `dumppdf -adt {}`:
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:seek: 0
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.pdfdocument:find_xref: b''
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.pdfdocument:find_xref: b'%%EOF'
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.pdfdocument:find_xref: b'11787068'
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.pdfdocument:find_xref: b'startxref'
│ │ │ │┄ INFO:pdfminer.pdfdocument:xref found: pos=b'11787068'
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:seek: 11787068
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787068, 13756)
│ │ │ │┄ INFO:pdfminer.pdfdocument:read_xref_from: start=11787068, token=13756
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:seek: 11787068
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787068, 13756)
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787074, 0)
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787076, /b'obj')
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787080, /b'<<')
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:start_type: pos=11787080, type='d'
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787083, /'Type')
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787089, /'XRef')
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787095, /'Index')
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787102, /b'[')
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:start_type: pos=11787102, type='a'
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787103, 0)
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787105, 13757)
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787110, /b']')
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:end_type: pos=11787102, type='a', objs=[0, 13757]
│ │ │ │┄ DEBUG:pdfminer.psparser:nexttoken: (11787112, /'Size')
│ │ │ │┄ [ truncated after 25 lines; 1356881 ignored ]
│ │ │ │ @@ -37233,15 +37233,15 @@
│ │ │ │  <value><number>972</number></value>
│ │ │ │  <key>Length</key>
│ │ │ │  <value><number>2837</number></value>
│ │ │ │  <key>Filter</key>
│ │ │ │  <value><literal>FlateDecode</literal></value>
│ │ │ │  </dict>
│ │ │ │  </props>
│ │ │ │ -<data size="12242">2234 0 92 41 96 82 100 123 2235 164 2236 205 2237 246 2238 286 2231 327 2243 467&#10;2240 602 2241 744 2245 886 104 927 108 967 112 1008 116 1049 120 1088 2242 1129 2248 1227&#10;2246 1353 2250 1510 124 1551 128 1592 2247 1633 2258 1731 2251 1893 2252 2028 2253 2161 2254 2297&#10;2255 2440 2260 2583 132 2624 136 2664 140 2705 2257 2746 2262 2830 2267 2951 2268 3046 2269 3485&#10;2270 3628 2272 3860 2275 4057 2276 4061 2277 4293 2278 4297 2280 4302 2265 4306 2264 4365 2261 4406&#10;2293 4519 2281 4708 2282 4849 2283 4991 2284 5134 2285 5277 2286 5421 2287 5565 2288 5703 2295 5848&#10;144 5889 148 5929 152 5970 2296 6011 2297 6052 2292 6093 2332 6219 2289 6624 2290 6769 2291 6914&#10;2302 7059 2303 7202 2304 7346 2305 7490 2306 7635 2307 7780 2308 7925 2309 8067 2310 8208 2311 8351&#10;2312 8493 2313 8636 2314 8778 2315 8922 2316 9066 2317 9210 2318 9354 2319 9499 2320 9644 2321 9789&#10;2322 9934 2323 10077 2324 10222 2325 10365 2326 10506 2327 10651 2328 10794 2329 10939 2330 11084 2334 11229&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2232 0 R /XYZ 71 807.752 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2232 0 R /XYZ 72 643.603 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2232 0 R /XYZ 72 560.779 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2232 0 R /XYZ 72 341.382 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2232 0 R /XYZ 72 273.181 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2232 0 R /XYZ 72 243.293 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2232 0 R /XYZ 72 201.45 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2232 0 R /XYZ 72 183.517 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Font &#60;&#60; /F52 1604 0 R /F76 2069 0 R /F68 1656 0 R /F83 2147 0 R /F82 2145 0 R /F20 2158 0 R /F23 2159 0 R &#62;&#62;&#10;/ProcSet [ /PDF /Text ]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Page&#10;/Contents 2244 0 R&#10;/Resources 2242 0 R&#10;/MediaBox [0 0 595.276 841.89]&#10;/Parent 2222 0 R&#10;/Annots [ 2240 0 R 2241 0 R ]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [312.514 524.488 367.443 535.392]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsubsection*.5&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [451.332 500.578 499.365 511.482]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsubsection*.6&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2243 0 R /XYZ 71 807.752 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2243 0 R /XYZ 72 769.89 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2243 0 R /XYZ 72 742.094 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2243 0 R /XYZ 72 445.793 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2243 0 R /XYZ 72 351.7 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2243 0 R /XYZ 72 216.137 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Font &#60;&#60; /F52 1604 0 R /F68 1656 0 R /F76 2069 0 R /F71 1906 0 R &#62;&#62;&#10;/ProcSet [ /PDF /Text ]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Page&#10;/Contents 2249 0 R&#10;/Resources 2247 0 R&#10;/MediaBox [0 0 595.276 841.89]&#10;/Parent 2222 0 R&#10;/Annots [ 2246 0 R ]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1]&#10;/Rect [147.504 272.398 349.734 283.302]&#10;/Subtype/Link/A&#60;&#60;/Type/Action/S/URI/URI&#40;http://jenkins.gromacs.org&#41;&#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2248 0 R /XYZ 71 807.752 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2248 0 R /XYZ 72 657.522 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2248 0 R /XYZ 72 386.052 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Font &#60;&#60; /F52 1604 0 R /F76 2069 0 R /F82 2145 0 R /F68 1656 0 R &#62;&#62;&#10;/ProcSet [ /PDF /Text ]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Page&#10;/Contents 2259 0 R&#10;/Resources 2257 0 R&#10;/MediaBox [0 0 595.276 841.89]&#10;/Parent 2222 0 R&#10;/Annots [ 2251 0 R 2252 0 R 2253 0 R 2254 0 R 2255 0 R ]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [321.424 548.555 394.159 559.459]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;chapter.2&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [271.629 536.6 362.159 547.504]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;chapter.5&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [194.993 357.648 258.71 368.552]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;section.3.1&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [233.493 345.693 285.119 356.597]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsection.3.6.39&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [337.432 345.693 384.526 356.597]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsection.3.6.52&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2258 0 R /XYZ 71 807.752 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2258 0 R /XYZ 72 769.89 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2258 0 R /XYZ 72 450.855 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2258 0 R /XYZ 72 413.859 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Font &#60;&#60; /F52 1604 0 R /F68 1656 0 R /F71 1906 0 R &#62;&#62;&#10;/ProcSet [ /PDF /Text ]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Page&#10;/Contents 2263 0 R&#10;/Resources 2261 0 R&#10;/MediaBox [0 0 595.276 841.89]&#10;/Parent 2266 0 R&#10;/Group 2265 0 R&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Producer &#40;cairo 1.16.0 &#92;&#40;https://cairographics.org&#92;&#41;&#41;&#10;/CreationDate &#40;D:20210329064038Z&#41;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Font&#10;/Subtype /Type1&#10;/BaseFont /QRULBX+NimbusRoman-Regular&#10;/FirstChar 32&#10;/LastChar 121&#10;/FontDescriptor 2270 0 R&#10;/Encoding /WinAnsiEncoding&#10;/Widths [ 250 0 0 0 0 0 0 0 333 333 0 0 0 0 250 278 0 0 500 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 722 0 667 722 611 0 722 0 0 0 0 0 889 0 722 0 0 667 556 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 444 500 444 500 444 333 500 500 278 278 0 278 778 500 500 500 0 333 389 278 500 500 722 500 500]&#10;/ToUnicode 2271 0 R&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Font&#10;/Subtype /Type0&#10;/BaseFont /UXHRHG+NimbusRoman-Regular&#10;/Encoding /Identity-H&#10;/DescendantFonts [ 2272 0 R]&#10;/ToUnicode 2273 0 R&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /FontDescriptor&#10;/FontName /QRULBX+NimbusRoman-Regular&#10;/FontFamily &#40;Nimbus Roman&#41;&#10;/Flags 4&#10;/FontBBox [ -168 -281 1000 1053]&#10;/ItalicAngle 0&#10;/Ascent 683&#10;/Descent -317&#10;/CapHeight 1053&#10;/StemV 80&#10;/StemH 80&#10;/FontFile3 2274 0 R&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Font&#10;/Subtype /CIDFontType0&#10;/BaseFont /UXHRHG+NimbusRoman-Regular&#10;/CIDSystemInfo &#60;&#60;&#10;/Registry &#40;Adobe&#41;&#10;/Ordering &#40;Identity&#41;&#10;/Supplement 0&#10;&#62;&#62;&#10;/FontDescriptor 2276 0 R&#10;/W [ 0 [ 250 556]]&#10;&#62;&#62;&#10;396&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /FontDescriptor&#10;/FontName /UXHRHG+NimbusRoman-Regular&#10;/FontFamily &#40;Nimbus Roman&#41;&#10;/Flags 4&#10;/FontBBox [ -168 -281 1000 1053]&#10;/ItalicAngle 0&#10;/Ascent 683&#10;/Descent -317&#10;/CapHeight 1053&#10;/StemV 80&#10;/StemH 80&#10;/FontFile3 2279 0 R&#10;&#62;&#62;&#10;223&#10;5331&#10;950&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Group&#10;/S /Transparency&#10;/I true&#10;/CS /DeviceRGB&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/D [2262 0 R /XYZ 71 807.752 null]&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Font &#60;&#60; 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/S /GoTo /D &#40;subsubsection*.1232&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [122.887 616.852 181.216 627.756]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsection.3.6.63&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [154.654 604.897 171.59 615.801]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsubsection*.1225&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [366.597 604.897 381.98 615.801]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsubsection*.1214&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [182.378 592.942 199.314 603.846]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsubsection*.1225&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [437.782 592.942 453.164 603.846]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsubsection*.1214&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [482.429 580.987 499.365 591.891]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsubsection*.1225&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [132.746 557.077 182.643 567.98]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsection.3.6.83&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [339.08 557.077 394.307 567.98]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsection.3.6.28&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [331.728 545.121 381.936 556.025]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsection.3.6.83&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [402.952 533.166 452.836 544.07]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsection.3.6.83&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [333.756 521.211 383.586 532.115]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsection.3.6.83&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [248.367 509.256 306.001 520.16]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsection.3.6.63&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [245.288 453.02 264.436 463.924]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsubsection*.1220&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [298.828 429.11 317.976 440.014]&#10;/A &#60;&#60; /S /GoTo /D &#40;subsubsection*.1220&#41; &#62;&#62;&#10;&#62;&#62;&#10;&#60;&#60;&#10;/Type /Annot&#10;/Subtype /Link&#10;/Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0]&#10;/Rect [390.606 429.11 454.564 440.014]&#10;/A &#60;&#60; 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